主题
学习路径与文献地图
不是"MR 文献大全"，是一条有先后顺序的路线：每一级给出读什么、为什么读它、读完应该能回答什么问题。
出处均已核实
本页每条文献的题名、期刊、年份、卷期页、DOI 均经 Crossref 逐条核对后写入。
凡对文献结论的描述标注了「据摘要」的，表示我核实了出处但未通读全文——引用进论文前请自己读原文。
一、四级学习路线
第 1 级 · 读得懂（约 1 周）
目标：看到一篇 MR 论文，知道它在干什么。
| 读什么 | 为什么读它 |
|---|---|
| 站内 从零开始读懂 MR | 直觉打底。不读这个直接啃文献会很痛苦 |
| Davies NM, Holmes MV, Davey Smith G. BMJ 2018;362:k601 | 面向临床医生写的，全篇不用矩阵符号，自带术语表和清单。这是公认的入门首选 |
读完应能回答：MR 为什么能规避混杂？三条 IV 假设分别是什么？为什么需要两样本设计？
第 2 级 · 会跑（约 2 周）
目标：自己把流水线跑起来，看懂输出。
| 读什么 | 为什么读它 |
|---|---|
| 站内 新手快速上手 → 结果怎么看 | 先跑出东西，再回头理解 |
| Hemani G, et al. eLife 2018;7:e34408 | TwoSampleMR 的方法学原文。你每天在用的那个包，它的设计逻辑在这里 |
| Burgess S, et al. Wellcome Open Res 2023;4:186（v3） | 十节实操规范，从选工具到报告结果逐条给建议。当手册查，不必一次读完 |
读完应能回答：为什么要谐化？回文 SNP 怎么处理？F 统计量多少算够？
第 3 级 · 会判断（约 1 个月）
目标：判断一条 MR 结果可不可信，包括自己跑出来的。
| 读什么 | 为什么读它 |
|---|---|
| Sanderson E, et al. Nat Rev Methods Primers 2022;2:6 | 本级核心。Nature 的 Primer 系列，从假设到方法到陷阱一次讲全，是理论骨架 |
| 站内 理论与公式逐项拆解 | 配套：公式的形式化定义 + 偏倚方向总表 |
| 站内 方法学审计与已知限制 | 本课题一次系统审计的全部发现，包括已修的数值问题。看真实项目怎么出错比看教科书有用 |
读完应能回答：这个结果是不是弱工具偏倚？多效性怎么排除？共定位为什么是必需的而不是加分项？
第 4 级 · 能应付审稿（持续）
目标：预判审稿人会问什么，提前在正文里堵上。
| 读什么 | 为什么读它 |
|---|---|
| Skrivankova VW, et al. JAMA 2021;326(16):1614–1624（STROBE-MR 声明） | 报告规范。审稿人拿它当清单，你也该拿它当清单 |
| Skrivankova VW, et al. BMJ 2021;375:n2233（解释与详述） | 上一条的 E&E 版，逐条解释"为什么要报告这一项" |
| Sanderson E, et al. Nat Genet 2026;58(5):984–994 | 领域最新反思：MR 现在公认的软肋在哪。写 Limitations 直接取材（据摘要） |
| 站内 怎么批判性地读一篇 MR 论文 | 把 STROBE-MR 转译成十个可操作的问题 |
STROBE-MR 有两篇，别引错
- JAMA 2021;326(16):1614–1624 是声明本体（checklist）
- BMJ 2021;375:n2233 是解释与详述（E&E）
站内 参考文献 页目前把它记作「JAMA / BMJ.」且无卷期——那是简记，投稿时按上面的完整出处写。
二、文献分档
A 档 · 奠基原典
| 文献 | 出处 | 为什么在这一档 |
|---|---|---|
| Davey Smith G, Ebrahim S. 'Mendelian randomization': can genetic epidemiology contribute to understanding environmental determinants of disease? | Int J Epidemiol 2003;32(1):1–22. DOI 10.1093/ije/dyg070 | 奠基文，"Mendelian randomization"作为流行病学方法的起点。Introduction 引它是惯例 |
| Lawlor DA, Harbord RM, Sterne JAC, Timpson N, Davey Smith G. Mendelian randomization: using genes as instruments for making causal inferences in epidemiology | Stat Med 2008;27(8):1133–1163. DOI 10.1002/sim.3034 | 把 MR 正式接到工具变量的统计框架上。三条假设的规范表述常引它 |
B 档 · 权威综述（理论骨架）
| 文献 | 出处 | 为什么在这一档 |
|---|---|---|
| Sanderson E, Glymour MM, Holmes MV, Kang H, Morrison J, Munafò MR, Palmer T, Schooling CM, Wallace C, Zhao Q, Davey Smith G. Mendelian randomization | Nat Rev Methods Primers 2022;2:6. DOI 10.1038/s43586-021-00092-5 | 一篇顶十篇。作者名单几乎是这个领域的方法学半壁江山 |
| Sanderson E, Levin MG, Walker VM, Yuan S, Badini I, Dolce E, Mahida R, Nho K, Pingault J-B, Damrauer SM, Hemani G, Davies NM. Challenges and future directions for Mendelian randomization | Nat Genet 2026;58(5):984–994. DOI 10.1038/s41588-026-02546-6（另有 Author Correction，DOI 后缀 s41588-026-02609-8） | 领域当下的自我批评，写 Discussion / Limitations 的弹药（据摘要） |
C 档 · 实操规范
| 文献 | 出处 | 为什么在这一档 |
|---|---|---|
| Burgess S, Davey Smith G, Davies NM, Dudbridge F, Gill D, et al. Guidelines for performing Mendelian randomization investigations: update for summer 2023 | Wellcome Open Res 2023;4:186（v3）. DOI 10.12688/wellcomeopenres.15555.3 | 十节逐条给操作建议，当手册查 |
| Hemani G, Zheng J, Elsworth B, Wade KH, Haberland V, et al. The MR-Base platform supports systematic causal inference across the human phenome | eLife 2018;7:e34408. DOI 10.7554/eLife.34408 | TwoSampleMR / MR-Base 的方法学原文 |
引 Guidelines 时注意版本
这篇是 Wellcome Open Research 的可更新出版物。v3 的标题里带 update for summer 2023，Crossref 记的年份是 2023 不是 2019。
设计阶段我们曾记成"2019;4:186（v3，2023 夏更新）"——卷号 4 和文章号 186 是对的，但年份该写 2023。引用时以你实际读的版本为准。
D 档 · 报告规范
| 文献 | 出处 |
|---|---|
| Skrivankova VW, Richmond RC, Woolf BAR, Yarmolinsky J, Davies NM, Swanson SA, VanderWeele TJ, Higgins JPT, Timpson NJ, Dimou N, Langenberg C, Golub RM, Loder EW, Gallo V, Tybjaerg-Hansen A, Davey Smith G, Egger M, Richards JB. STROBE-MR 声明 | JAMA 2021;326(16):1614–1624. DOI 10.1001/jama.2021.18236 |
| 同上作者组. STROBE-MR：explanation and elaboration | BMJ 2021;375:n2233. DOI 10.1136/bmj.n2233 |
E 档 · 偏倚专题（按需查）
| 主题 | 文献 | 出处 |
|---|---|---|
| 样本重叠 | Burgess S, Davies NM, Thompson SG. Bias due to participant overlap in two-sample Mendelian randomization | Genet Epidemiol 2016;40(7):597–608. DOI 10.1002/gepi.21998 |
| Winner's curse | Jiang T, Gill D, Butterworth AS, Burgess S. An empirical investigation into the impact of winner's curse on estimates from Mendelian randomization | Int J Epidemiol 2023;52(4):1209–1219. DOI 10.1093/ije/dyac233（Crossref 记 issued 2022，线上先发） |
| 多变量 MR | Sanderson E, Davey Smith G, Windmeijer F, Bowden J. An examination of multivariable Mendelian randomization in the single-sample and two-sample summary data settings | Int J Epidemiol 2019;48(3):713–727. DOI 10.1093/ije/dyy262 |
本课题目前没做 MVMR
列 Sanderson 2019 是因为审稿人常问"为什么不做多变量 MR"。cis-pQTL 设计下单个蛋白通常只有一个哨兵 SNP，MVMR 需要的工具数不够——这是可以正面回答的，不是回避。
F 档 · 药靶 MR 专线（★ 对应本课题设计）
| 文献 | 出处 | 为什么关键 |
|---|---|---|
| Schmidt AF, Finan C, Gordillo-Marañón M, Asselbergs FW, Freitag DF, Patel RS, Tyl B, Chopade S, Faraway R, Zwierzyna M, Hingorani AD. Genetic drug target validation using Mendelian randomisation | Nat Commun 2020;11:3255. DOI 10.1038/s41467-020-16969-0 | 本课题的方法学母版：用 cis 变异代表药物靶点、蛋白作为近端效应物、共定位排除 LD 混杂。写 Methods 的框架来源（据摘要） |
配套读站内实际做法：阶段六 · 靶点网络、阶段七 · 靶点验证框架。
已在站内的方法原始出处（不重复罗列）
IVW、MR-Egger、加权中位数、加权众数、MR-RAPS、MR-PRESSO、coloc、HyPrColoc、Steiger、BH 校正的原始文献，见 参考文献。
那一页只有作者年份和期刊，没有卷期页
参考文献 页明确写了「如需写进论文，请按目标期刊格式补全卷期页码 DOI」。投稿前需要自己补全，不能直接复制粘贴。
三、外部资源
| 资源 | 是什么 | 怎么用 |
|---|---|---|
| Burgess S, Thompson SG. Mendelian Randomization: Methods for Causal Inference Using Genetic Variants, 2nd ed. Chapman & Hall/CRC, 2021. ISBN 9781032019512, DOI 10.1201/9780429324352 | 领域标准教材。第 2 版据出版社说明削减了技术推导、加强了两样本与汇总数据部分 | 当参考书查章节，不必通读 |
| MR Dictionary — mr-dictionary.mrcieu.ac.uk | 布里斯托大学 MRC-IEU 维护的 MR 术语词典，自称"the definitive list of terms for Mendelian randomization research"，含 A–Z 检索，按遗传学术语 / 单样本与两样本方法 / 偏倚 / 软件分类 | 读文献碰到不认识的术语先查这里 |
| STROBE-MR 清单 | 见上文 D 档两篇 | 投稿前逐条自检 |
站内也有术语表
从零开始读懂 MR 页尾有中文「术语速查」。先查站内的（中文、结合本课题），查不到再去 MR Dictionary。
四、这条路线之外
以下站内页面不属于方法学学习路径，是本课题的具体内容，按需查：
- 眼科 / 糖尿病 MR 的应用类文献 → 近 5 年相似文献对照、已发表 pQTL-MR 重叠对照
- baseline 文章的逐条对比 → Yuan 2023
- 数据源与结局定义 → 数据与结局