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外部 pQTL 对照 · SCALLOP-UKBB-MA cis（2026-07-25）
用新发表的 Koprulu & Smith-Byrne et al. Cell 2026（"Multi-cohort proteogenomic analyses…"，PMID 42097137）的 cis-pQTL 数据，对我们第一篇的 UKB-PPP cis-pQTL MR 做一次外部对照/稳健性检查：同样的 FinnGen R13 结局，看命中稳不稳、方向一致不一致。
★全程隔离：新建独立目录
/home/research/scallop-cis/，只读复用 FinnGen 结局 + plink，未改动 mr-pipeline / multiomics-mr / dr-amd-targets 任何代码或结果。
⚠ 定位：这是"对照/稳健性"，不是"独立复制"
SCALLOP-UKBB-MA 是 UKBB + SCALLOP 的 meta，内含 UKB-PPP（S2 列名 Effect_UKBB_SCALLOP_MA）——与我们第一篇数据部分重叠，不是独立数据源。所以本页只能当稳健性/敏感性对照；真正独立复制需用 deCODE（SomaScan 平台，不同人群）——已完成，见 独立平台复制 · deCODE SomaScan。
一、数据与方法
- 暴露：SCALLOP-MA 高置信 cis（
hc.flag=="Cis_HC"）4,150 条 / 893 蛋白（fine-mapped credible-set 代表变异，彼此独立 → 直接 IVW，无需 clump）。F>10 过滤。 - 结局：FinnGen R13 DR-strict / AMD / 湿性 / 干性（与第一篇同）。hg19 → 靠 rsID 匹配。
- MR：单工具 Wald、≥2 IVW、≥3 加 MR-Egger/加权中位数；每结局 BH-FDR。
- 对照对象：我们的 UKB-PPP cis-pQTL MR（
screen_R13_amd/*_all.csv、screen_R13_dm/RetinopathyStrict_all.csv）。
二、总体对照
| 结局 | SCALLOP 测 | UKB-PPP 测 | 共测 | SCALLOP 显著 | UKB-PPP 显著 | 两者都显著 | 方向一致 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| AMD | 881 | 1,659 | 740 | 16 | 33 | 6 | 81% |
| 湿性 AMD | 881 | 1,659 | 740 | 12 | 26 | 5 | 82% |
| 干性 AMD | 881 | 1,659 | 740 | 15 | 25 | 5 | 81% |
| 糖网 STRICT | 881 | 1,659 | 740 | 8 | 10 | 3 | 81% |
读法：
- SCALLOP 面板更小（1,161 蛋白 vs UKB-PPP 2,923）→ 只测到 881 个蛋白，共测 740。
- 共测蛋白方向一致率 ~81% → 两套数据总体一致，可信。
- SCALLOP 显著命中更少（AMD 16 vs 33）：一半来自"蛋白测得少"，一半来自 meta 的 fine-mapped 工具更保守。
三、头号靶点并排（AMD）
| 靶点 | SCALLOP b / FDR (n) | UKB-PPP b / FDR | 结论 |
|---|---|---|---|
| AGER | −0.584 / 3.4e-5 (1) | −0.513 / 2.9e-5 | ✅ 两边都强 |
| TGFB1 | −0.230 / 2.8e-10 (6) | −0.282 / 5.0e-5 | ✅ 两边都显著（SCALLOP 更强） |
| TNFRSF10A | −0.092 / 0.36 (6) | −0.149 / 1.9e-5 | ⚠ SCALLOP 仅名义、未达 FDR（方向同） |
| SPRY2 | −0.313 / 0.70 (3) | −0.634 / 8.8e-3 | ⚠ SCALLOP 未显著（方向同） |
| MERTK | −0.071 / 0.86 (4) | −0.199 / 8.8e-3 | 两边都弱（方向同，负） |
| CFH | —（面板无） | −1.050 / 3.9e-97 | ❌ SCALLOP 未测（我们最强 AMD 靶点） |
| CASP10 | —（面板无） | −0.321 / 8.8e-4 | ❌ SCALLOP 未测 |
| APOE | —（面板无） | +0.202 / 8.7e-27 | ❌ SCALLOP 未测 |
| CSF2 | —（面板无） | +0.229 / 4.4e-3 | ❌ SCALLOP 未测 |
（糖网侧：AGER 在两边都是 p≈5e-58 的巨大信号——注意它是单 SNP Wald，p 由 FinnGen 结局 SNP 主导；其余靶点两边都不显著。）
四、诚实结论
- 方向高度一致（~81%）——两套 pQTL 在共测蛋白上总体吻合,支持我们结果的稳健性。
- SCALLOP 覆盖更窄——CFH/CASP10/APOE/CSF2 等根本没测到（面板小）,所以它无法验证我们这几个关键靶点,不能替代 UKB-PPP。
- AGER、TGFB1 在两套里都稳健。
- TNFRSF10A（我们头号 AMD 靶点）在 SCALLOP 只到名义显著：方向一致但 FDR 不过。注意这不是"独立不复制"——SCALLOP 本就含 UKB-PPP，差异来自工具选择（SCALLOP 用 6 个 fine-mapped credible set 做 IVW 被平均稀释 vs UKB-PPP 用最强 cis 工具）。发表时应如实报告这一敏感性，并说明 TNFRSF10A 的因果证据主要靠共定位(PP.H4=0.92)+ IAMDGC 独立复制(p=1.6e-9)支撑,而非单靠 pQTL 效应量。
五、发表策略定位（2026-07-26 收紧）
⚠ 这是发表策略建议，最终由作者/导师定
① SCALLOP 对照不必扩到全靶点。 上面的 ~81% 方向一致已是在共测的 740 个蛋白全体上算的（不是只看核心靶点）——系统层面的对照已经具备。而 SCALLOP-UKBB-MA 含 UKB-PPP、属非独立稳健性检查，给它再做逐次要靶点的精细拆解边际价值很低。逐靶点精做留给真正独立的 deCODE SomaScan 平台复制（已扩到全 34 靶点）。
② Cell/SCALLOP cis 数据 → 作为第一篇的稳健性补充，不建议单独成第二篇。
- SCALLOP cis 含 UKB-PPP、非独立；对同样的 DR/AMD 结局再跑一遍 cis-pQTL MR 单独发一篇 = 数据套娃 + 同结局 + 同方法 = 审稿视角的 salami/重复发表风险（期刊伦理：同一批受试者在两篇里被当成两个独立样本会扭曲 meta，须向编辑披露相关稿并证明 value added）。
- cis-pQTL 跨平台一致性本就高 → SCALLOP cis 基本是重现第一篇、加的是稳健性而非新颖性，正是"补充材料"的角色。
③ trans 做第二篇比早先设想更弱。 trans-pQTL MR 跨平台相关性差、结果需谨慎解读（文献共识），且若仍在 DR/AMD 同结局上做仍有重叠嫌疑。真正的第二篇应换一个正交的新角度（例如更广疾病谱的 trans 可成药基因组扫描、多族裔、或不同生物学层面），并向编辑披露第一篇。SCALLOP-MA 的 trans 素材（S2 有 19,698 个 credible set + Table S7 效应基因归属 + S9A 多效性分类）在这种"换角度"方案里才用得上。
详见 [[project-mr-paper2-scallop]] 记忆。复现：
/home/research/scallop-cis/（run_scallop_cis.R+compare_scallop.py）；工具表data/scallop_cis_instruments.csv由celldata/mmc2.xlsx(S2) 解析。
复现：
/home/research/scallop-cis/（run_scallop_cis.R+compare_scallop.py）；工具表data/scallop_cis_instruments.csv由celldata/mmc2.xlsx(S2) 解析。