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分家重跑定稿 · AMD 独立家族 × 外部复制结果（R13，2026-07-22）
本文是《本轮方案答疑 · 复制验证、R13 定稿、AMD 分家》所定方案的执行结果。方案讲"要怎么做"，本文讲"做完是什么"。
一句话：主分析锁定 FinnGen R13；老年黄斑变性（AMD）与糖尿病并发症拆成两个互不共享的独立家族；各自做 FDR / 遗传相关 / 共定位 / 网络 / 出图 / 下游；显著命中再谐化到独立外部队列判"是否复制"。
⚠️ 发表前必读：这套设计与头号结果（含 TNFRSF10A）已被 2024–2025 多篇论文覆盖，novelty 存疑 → 见 文献核查 · 已发表 pQTL-MR 与本课题重叠对照
一、为什么要"分家"，分了什么
导师要求：AMD 不是糖尿病并发症，不能和糖网/黄斑/神经/糖肾放在同一个多重检验家族里，否则遗传相关矩阵和共享蛋白聚类会互相污染。
代码层面原先 AMD 是和糖尿病并发症焊死在同一个硬编码列表里的（04_ldsc.R 的 KEEP、05_hyprcoloc.R 的 COMPL 都把 AMD/WetAMD/DryAMD 和 Retinopathy/Nephropathy 并列）。本次重构把整条链按家族后缀拆开：
| 维度 | A 组 R13_dm（糖尿病并发症） | B 组 R13_amd（老年黄斑变性） |
|---|---|---|
| 结局 | 糖网(STRICT)、黄斑、新生血管性青光眼、神经、糖肾 + T2D/T1D 参照锚 | AMD、湿性 AMD、干性 AMD |
| 输出目录 | screen_R13_dm/、ldsc_R13_dm/、hyprcoloc_R13_dm/、network_R13_dm/ | screen_R13_amd/、ldsc_R13_amd/、hyprcoloc_R13_amd/、network_R13_amd/ |
| FDR 家族 | 独立 | 独立 |
| LDSC 遗传相关矩阵 | 并发症之间（含 T2D/T1D 锚） | AMD 亚型之间 |
| hyprcoloc 共享蛋白聚类 | 只在并发症内 | 只在 AMD 亚型内 |
FDR 说明：多重检验校正本就是每个结局单独对全部 ~1659 个蛋白做 FDR（
01_screen.R），所以"分家"并不改变某个结局的 FDR 数值——改变的是下游（LDSC 矩阵 / hyprcoloc 聚类 / 网络 / 出图 / 报告）的家族边界。这才是"分家"的实质。
主 DR 用 STRICT 定义（不用 EXMORE，因 EXMORE 病例含黄斑/新生血管青光眼，与单列的那两个重叠）。R9 全部退居储备，不进主跑。
二、发现层结果（单 SNP Wald，FDR<0.05）
| 家族 | 结局 | 病例数 | 显著蛋白数 |
|---|---|---|---|
| A 组 | 糖网 RetinopathyStrict（主 DR） | 6 970 | 10 |
| 黄斑病变 Maculopathy | 4 766 | 9 | |
| 糖尿病神经病变 Neuropathy | 4 145 | 4 | |
| 糖尿病肾病 Nephropathy | 6 043 | 6 | |
| 新生血管性青光眼 NeovascGlaucoma | 1 576 | 0 | |
| B 组 | 老年黄斑变性 AMD | 13 947 | 33 |
| 湿性 AMD WetAMD | 7 529 | 26 | |
| 干性 AMD DryAMD | 9 533 | 25 |
（T2D/T1D 参照锚的命中数正常，仅作对照、已从靶点网络排除。）
AMD 信号显著强于糖尿病并发症——这与 AMD 是高遗传度、高功效表型一致。
三、共定位支持（hyprcoloc，多性状 PP>0.7）
| 家族 | 共定位支持的候选蛋白 |
|---|---|
| B 组 AMD | 9 个：TNFRSF10A(PP 0.92)、APOE、PILRA、PILRB、CASP10、CSF2、TGFB1、SPRY2、WARS |
| A 组 糖尿病并发症 | 1 个：APOL1（PP 0.81，→ 黄斑病变 Maculopathy） |
⚠️ 2026-07-27 订正：此处原写作"APOL1 → 糖尿病肾病"，是错的。
table_S_coloc_dm.csv的diseases_shared字段为Maculopathy，且table_S_significant_associations.csv里 APOL1 只有黄斑病变一条显著关联、没有糖尿病肾病。APOL1 确实是著名的肾病风险基因，但那属于既有文献背景，不是本研究的结果——不能顺着直觉写成肾病。详见汇报 PPT 数据核查与修订记录。
四、外部独立复制（第 7 步，本轮新建 17_replicate_external.R）
设计：把各家族的显著命中，用同一套 cis-pQTL 工具谐化到独立外部队列，逐 SNP 算 Wald 比（已按暴露效应等位定向），与发现估计比较方向一致性 + 复制显著性（p<0.05），加 replicated 列。不复制的（方向反或不显著）也如实写，不藏。
| 发现结局 | 外部复制队列 | 来源 | 可判 | 复制成功 |
|---|---|---|---|---|
| 糖网 RetinopathyStrict | MVP 糖网 GCST90475689 | Verma Science 2024（非 UKB/非 FinnGen） | 10 | 4 |
| 神经 Neuropathy | MVP 神经 GCST90475676 | 同上 | 4 | 1 |
| 糖肾 Nephropathy | Salem 2019 JDRF-DNCRI 晚期糖肾（DN） | JASN 2019，~19 406 欧洲 T1D | 6 | 1 |
| AMD / WetAMD / DryAMD | IAMDGC 晚期 AMD | IAMDGC 2.0（Gorski/Grunin IOVS 2025，TOPMed EUR 子集，15,616 / 16,723） | 81 | 59 |
⚠️ 2026-07-27 口径订正：本轮实际读取的复制文件是
IAMDGC_lateAMD_related_EUR_annotated.txt，脚本注释与mr_funcs.R均标明为 IAMDGC 2.0（Gorski/Grunin 2025），样本量 15,616 例 / 16,723 对照。早期阶段文档里的 Fritsche 2016（16,144 / 17,832） 是上一版队列，属历史记录，勿与当前结果混用。
AMD 复制强（59/81 ≈ 73%）：补体旁路核心基因 CFH / CFB / CFI / CFHR2 / CFHR5 全部复制，加 APOE，加主打候选 TNFRSF10A（复制 p = 1.6×10⁻⁹）。这正是 AMD 遗传学的教科书通路——在完全独立的 IAMDGC 队列稳稳重现。
糖尿病并发症复制温和（如实）：
- 糖网 4/10：HCG22、LTB、TNXB、MICB_MICA（多在 MHC 区）
- 神经 1/4：AGER
- 糖肾 1/6：BTN2A1
并发症样本量小、外部队列有限，复制率低是预期内的诚实结果。
黄斑病变、新生血管性青光眼无独立外部队列 →
replicated列标NA，报告里明确披露"FinnGen 单源"，不假装复制过。
五、诚实边界（写进结果，没藏）
- 无外部复制的结局：Maculopathy、NeovascGlaucoma →
replicated=NA披露。 - 视网膜 eQTL 组织落位受数据覆盖限制：10 个 A 级靶点里，三性状（pQTL + 疾病 + 视网膜 eQTL）齐全共定位 0 个，仅 pQTL+AMD 共定位 6 个——多个候选因"缺 eQTL 区域数据"跳过，这是数据可及性限制，不是阴性结论，已如实记录。
- FDR 口径：每结局单独校正，删/增结局不影响其它结局显著性。
六、本轮关键实现与修复
- 新建
analysis/17_replicate_external.R：镜像01_screen的谐化机制，读复制队列时按工具 SNP 白名单过滤（内存安全）。 - 全量 rel 后缀重构（
R13_dm/R13_amd贯穿 manifest + 01/04/05/06/08/09/10/12/13/14 +run_pipeline.sh+config.yaml）。 - 修掉 3 个分家引入的下游 bug：
10_eqtl_coloc.R硬编码release=="R13" & id=="AMD"→ 改R13_amd；13_figure_locus.R的ONLY二级参数仍用旧正则^R[0-9]+$，导致 rel 字符串被误当蛋白过滤器 → 全家族被跳过（已修，AMD 9 个 + DM 的 APOL1 locus 图正常出）；14_figure_downstream.R硬读 PheWAS 结果 → 改条件化，缺 PheWAS 时跳过多效性图仍出 LDSC 图。
- PheWAS：OpenGWAS token 过期曾致静默失败（脚本 exit 0 误标完成、产 0 文件），刷新 JWT 后重跑补齐（off-target 多效性表 + 图）。
七、如何复现
bash
# 主分析全链（两家族，含全下游；有断点续跑）
bash run_pipeline.sh
# 第 7 步外部复制（独立于主链，只依赖本地复制数据集）
Rscript analysis/17_replicate_external.R产物：
results/screen_R13_{dm,amd}/SUMMARY_publication.csv、*_significant.csv、replication_external.csvresults/REPORT/MR_publication_tables.xlsx（16 张下游表：Coloc_DM/AMD/IAMDGC、Replication_DM/AMD、eQTL、PheWAS×3、LDSC rg/h2 分家、可成药性、单细胞）- 改前全量备份：
results_archive_before_split_20260722.tgz
定稿日期：2026-07-22。主分析 = FinnGen R13；复制队列 = MVP（Verma 2024）/ Salem 2019 / IAMDGC，均与暴露（UKB-PPP）无样本重叠。