主题
参考文献与资源
本页汇总流水线代码内联引用与案例研究中实际用到的方法学文献、软件包与数据源。仅整理真实出现的引用，未做扩充性罗列。
方法学文献
按分析阶段组织，对应 方法引擎 各章。
工具变量选择与强度
- Zheng J, et al. (2020). Phenome-wide Mendelian randomization mapping the influence of the plasma proteome on complex diseases. Nat Genet. —— cis-pQTL 工具选择、cis 窗口、显著性阈值。
- Staiger D, Stock JH. (1997). Instrumental variables regression with weak instruments. Econometrica. —— 弱工具（F<10）阈值。
- Pierce BL, et al. (2011). Power and instrument strength requirements for Mendelian randomization. Am J Epidemiol. —— F 统计量与工具强度。
谐化与方向
- Hemani G, et al. (2018). Orienting the causal relationship between imprecisely measured traits using GWAS summary data. PLoS Genet. / TwoSampleMR harmonisation —— 等位谐化、回文处理。
- Hemani G, et al. (2017). Steiger filtering / directionality. —— 因果方向过滤。
MR 估计
- Burgess S, et al. (2013). Mendelian randomization analysis with multiple genetic variants using summarized data. Genet Epidemiol. —— IVW。
- Bowden J, et al. (2015). Mendelian randomization with invalid instruments: effect estimation and bias detection through Egger regression. Int J Epidemiol. —— MR-Egger。
- Bowden J, et al. (2016). Consistent estimation in MR with some invalid instruments using a weighted median estimator. Genet Epidemiol. —— 加权中位数；I²_GX / NOME。
- Hartwig FP, et al. (2017). Robust inference in summary data MR via the zero modal pleiotropy assumption. Int J Epidemiol. —— 加权众数。
- Zhao Q, et al. (2020). Statistical inference in two-sample summary-data MR using robust adjusted profile score (MR-RAPS). Ann Stat. —— MR-RAPS。
敏感性
- Verbanck M, et al. (2018). Detection of widespread horizontal pleiotropy in causal relationships inferred from MR (MR-PRESSO). Nat Genet.
- VanderWeele TJ, Ding P. (2017). Sensitivity analysis in observational research: introducing the E-value. Ann Intern Med.
共定位
- Giambartolomei C, et al. (2014). Bayesian test for colocalisation between pairs of genetic association studies (coloc). PLoS Genet.
- Foley CN, et al. (2021). A fast and efficient colocalization algorithm for identifying shared genetic risk factors across multiple traits (HyPrColoc). Nat Commun.
多重检验与报告规范
- Benjamini Y, Hochberg Y. (1995). Controlling the false discovery rate. J R Stat Soc B.
- Skrivankova VW, et al. (2021). Strengthening the reporting of observational studies in epidemiology using Mendelian randomization (STROBE-MR). JAMA / BMJ.
软件与 R 包
| 包 | 用途 |
|---|---|
TwoSampleMR | 谐化、MR 主分析与敏感性、出图 |
MendelianRandomization | 补充 MR 估计量 |
MRPRESSO | 多效性离群检测与校正 |
coloc | 两两贝叶斯共定位（coloc.abf） |
hyprcoloc | 多性状共定位 |
GenomicSEM | LDSC 遗传相关（案例 AMD 敏感性） |
ieugwasr | LD clumping（local/api） |
UpSetR / ComplexUpset | 跨性状重叠可视化（案例） |
data.table | 高性能读写与数据处理 |
| PLINK | 本地 LD clumping 引擎 |
数据源
| 数据 | 说明 | 可及性 |
|---|---|---|
| UKB-PPP | 血浆蛋白 cis-pQTL 工具（暴露），N≈54,219 | synapse.org（syn51364943） |
| FinnGen R9 / R13 | 糖尿病并发症结局 GWAS（DR/maculopathy/glaucoma/nephropathy/neuropathy/AMD） | finngen.fi/en/access_results |
| Mahajan NatGenet2018b | 欧洲 T2D 验证 GWAS（noUKBB），N≈57,698 | 公开 GWAS |
| GCST90475661 | T1D 验证 GWAS（GWAS Catalog，报告 OR） | GWAS Catalog |
| 1000 Genomes（EUR） | LD clumping 参考面板 | 公开 |
| HapMap3（w_hm3.snplist）+ eur_w_ld_chr | LDSC munge 与 LD 分数参考 | LDSC/GenomicSEM |
说明
上述文献为各方法的规范原始出处（代码注释中以作者+年份形式内联标注）。如需写进论文，请按目标期刊格式补全卷期页码 DOI。