主题
修复前后对比（2026-07-27 全量核查修复轮）
这页干什么
本轮全量核查（7 轮，54 项问题）后的修复，哪些数字变了、哪些没变、为什么。 凡是变了的都给出「旧值 → 新值 + 变化原因」，便于回看与写作时引用。 完整依据见 F:\project\MR全量核查-20260727.md（§0–§15）。
一、结论层面：什么没变（重要）
先说没变的——这决定了旧结论哪些还能直接用：
| 项 | 值 | 说明 |
|---|---|---|
| 各并发症显著蛋白数 | 糖网 10、黄斑 9、新青 0、神经 4、糖肾 6 | FDR 为 by_outcome 分组，删基础病不影响其余结局 |
| AMD 家族显著蛋白数 | AMD 33、湿 26、干 25 | 同上 |
| AMD 共定位支持候选 | 9 个（TNFRSF10A/APOE/PILRA/PILRB/CASP10/CSF2/TGFB1/SPRY2/WARS） | 阈值仍是 PP>0.7，未变 |
| A1 / A2 分层 | AMD 6 A1 + 3 A2；DM 0 A1 + 1 A2(APOL1) | 见下方「APOE 为什么仍是 A1」 |
| IAMDGC 复制 | 59/81 ≈ 73%（AMD 23/32、干 17/24、湿 19/25） | 修正样本量后结果不变（Steiger 实测剔 0 个） |
| 外部复制（DM 家族） | 糖网 4/10、神经 1/4、糖肾 1/6 | 未变 |
| 并发症之间的 LDSC rg | 糖网–黄斑 0.855、糖网–糖肾 0.617、神经–糖肾 0.748… | 换 LDSC 锚不波及它们，一个数没变 |
| deCODE 平台复制 | 136 配对、方向一致 79.4%、两平台都显著同向 83.6% | 未变 |
| SCALLOP 对照 | 共测 740、方向一致 81/82/81/81% | 未变 |
二、变了的数字
2.1 ★ 外部 T1D 数据源整体更换
| 旧 | 新 | |
|---|---|---|
| Accession | GCST90475661 | GCST90824163 |
| 出处 | Verma Science 2024（MVP，2068 个 phecode 批量 GWAS） | Nat Genet 2026-04-30, PMID 42062540 |
| 欧洲人 病例/对照 | 16,971 / 418,767 | 20,355 / 797,363 |
| 格式 | OR + ci_upper/lower（standard_error 全为 #NA） | GWAS-SSF v1.0 harmonised：beta + standard_error 直给 |
| build | GRCh38 | GRCh38 |
换源原因：旧数据经实测不是干净的 T1D，遗传结构以 T2D 为主。详见 外部 T1D 数据源问题。
新旧数据在标志位点上的对照（同一套检验，最有说服力的一张表）：
| 位点 | 属性 | 新 GCST90824163 | 旧 MVP GCST90475661 |
|---|---|---|---|
| rs9273363 (HLA-DQB1) | T1D 头号 | β=1.646 → OR 5.19，p=5×10⁻³²⁴ | OR 0.770（倒数 1.30） |
| rs2187668 (HLA-DQA1) | T1D | β=1.015 → OR 2.76，p=7.3×10⁻⁴³ | OR 0.764（倒数 1.31） |
| rs689 (INS) | T1D 第二强 | β=0.733 → OR 2.08，p=2.8×10⁻³⁰⁵ | OR 0.942（几乎无效） |
| rs2476601 (PTPN22 R620W) | T1D 头号非 HLA | OR 1.90（倒数），p=5.8×10⁻¹⁸⁴ | OR 1.133 |
| rs7903146 (TCF7L2) | T2D 头号 | p=0.67（完全无效） ✅ | p=9.5×10⁻⁶⁶ ❌ |
| rs1801282 (PPARG) | T2D | p=0.061（无效）✅ | p=7.0×10⁻⁵ ❌ |
| rs13266634 (SLC30A8) | T2D | p=0.072（无效）✅ | p=8.9×10⁻⁸ ❌ |
| chr6 MHC 最强 | — | OR 2.23–3.56，p=5×10⁻³²⁴ | OR 0.782（倒数 1.28） |
新数据的 PTPN22 OR 1.90 与文献值完全吻合、HLA-DQ 达 5.19、T2D 三个标志位点全部无效 ——这是教科书级的 T1D 遗传特征。扫描 56,442,443 行，全基因组 top10 全落在 chr6:31.4–31.5 Mb（MHC I 类区）。
2.2 ★ LDSC 锚换成外部严格定义 → 结论比原版更强
本轮 LDSC 锚点走过三个版本，全部实测记录如下（糖网 STRICT 那一行）：
| 锚来源 | 糖网×T1D | 糖网×T2D | 倍差 | rg(T1D, T2D) |
|---|---|---|---|---|
① FinnGen T1D_WIDE / T2D（原用） | 0.795 | 0.066 | 12× | （未算） |
② MVP GCST90475661 / Mahajan（中间态） | 0.273 | 0.031 | 8.8× | 0.886 ❌ 生物学不可能 |
③ GCST90824163 / Mahajan（定稿） | 0.627（SE 0.075） | 0.031 | 20× | 0.087（SE 0.034）✅ |
版本 ② 是发现问题的关键：把 MVP 那份 phecode「T1D」当锚时， rg(T1D, T2D) = 0.886（SE 仅 0.046）——T1D 与 T2D 遗传上应基本独立（文献 ~0.1 量级）， 0.886 不可能。顺此线索查出该数据实为 T2D 主导，于是换到版本 ③。
版本 ③ 的完整矩阵：
| 糖网STRICT | 黄斑 | 神经 | 糖肾 | T1D | T2D | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 糖网 STRICT | 1.000 | 0.855 | 0.251 | 0.617 | 0.627 | 0.031 |
| 黄斑 | 0.855 | 1.000 | 0.205 | 0.717 | 0.663 | 0.250 |
| 神经 | 0.251 | 0.205 | 1.000 | 0.748 | 0.456 | 0.094 |
| 糖肾 | 0.617 | 0.717 | 0.748 | 1.000 | 0.485 | 0.233 |
| T1D | 0.627 | 0.663 | 0.456 | 0.485 | 1.000 | 0.087 |
| T2D | 0.031 | 0.250 | 0.094 | 0.233 | 0.087 | 1.000 |
结论反而更强，而且更难反驳
- 糖网 × T1D = 0.627 vs × T2D = 0.031，相差 20 倍（原 FinnGen 版是 12 倍）
- 关键是：现在两个锚都是外部严格定义的数据，不再有「FinnGen 宽登记定义把 rg 抬高」这个质疑
- 并发症之间的 rg（0.855 / 0.617 / 0.748 / 0.205 / 0.251 / 0.717）三个版本一个数都没变， 证明换锚只影响锚那一列，不波及并发症间关系
措辞：可以讲「糖网与 T1D 中度遗传相关（rg 0.63）、与 T2D 近乎无关（0.03），相差 20 倍， 明确指向 T1D 样自免/微血管机制」。原表述「中高」在版本 ① 下勉强、在版本 ③ 下用「中度」更准。
FinnGen 宽定义的偏差仍是可写的论证
FinnGen 宽登记定义同时抬高了 rg 与显著蛋白数： T2D_finngen 103 个显著 vs T2D_mahajan 28 个。这是同一现象的两个面， 支持「T1D/T2D 只用外部数据」这个决定。
2.3 h² 变化
| 性状 | 旧（FinnGen 锚） | 新（外部锚，定稿） |
|---|---|---|
| 4 个并发症 | 0.1157 / 0.0737 / 0.0651 / 0.0935 | 完全不变 |
| T1D 锚 | T1D_WIDE 0.2382 | T1D_gcst 0.1682（SE 0.0150, z=11.19） |
| T2D 锚 | T2D 0.1621 | T2D_mahajan 0.1222（SE 0.0069, z=17.72） |
2.3b 外部 T1D 的显著蛋白数：21 → 57
换源后 T1D_gcst 的 MR 显著蛋白由 21 个增至 57 个，工具数 1,687 → 1,722。 原因：新数据对照多 90%（797,363 vs 418,767）且表型干净，功效大幅提升。 R13_dm 家族显著关联总数因此由 78 → 114 条（并发症那 5 个结局的数值一个未变）。
2.4 共享蛋白森林图：17 → 5
| 旧 | 新 | |
|---|---|---|
| 「跨 ≥3 病」蛋白数 | 17 个 | 5 个 |
| 名单 | 含 MANSC4/NOTCH2/APOE/ATP6V1G2/LTA/NCAN/NUDT5/PAM/SIGLEC5/TNXB/TRIM40/TSPAN8 等 12 个靠 T1D/T2D 凑数 | HCG22 / AGER / BTN2A1 / CFB / LTB |
原因：02_visualize.R 原先把 overlap_matrix.csv 的全部列一视同仁， 而该矩阵含 T1D/T2D 基础病列，标题却写 "shared across >=3 diabetic complications"。 现在森林图与网络图只数并发症列（UpSet 仍保留全部结局，但标题标明含参照列）。
网络图同理：旧图边数并发症侧 29 条、基础病侧 195 条（87% 的边不是并发症），现只连并发症。
2.5 PheWAS 脱靶负担：从「全 0」到真实值
target_list.csv 的 n_offtarget 此前全部为 0（因 06_network.R 早于 03_phewas.R 生成 3.5 小时）：
| 蛋白 | 旧 | 新 |
|---|---|---|
| APOE | 0 | 692 |
| PILRA / PILRB | 0 | 47 |
| TGFB1 | 0 | 35 |
| WARS | 0 | 26 |
| CSF2 | 0 | 18 |
| CASP10 | 0 | 14 |
| TNFRSF10A | 0 | 7 |
| SPRY2 | 0 | 0 |
| APOL1 | 0 | 2 |
2.6 ★ APOE 为什么仍是 A1（而不是被降级）
修 H1 后 APOE 的脱靶负担变成 692（> PLEIO_MAX=100），按原逻辑它会被自动降为 B-高多效 并被四个下游脚本剔除。但同时修了 H11：
原代码第 27 行注释写的是「高多效标记（不自动剔除，仅标记）」， 而 tier 判定链却把 pleiotropy_flag 放在 A1/A2 之前，一旦为真就永远到不了 A 级 ——代码与自身注释矛盾。
且文献惯例是把 PheWAS 脱靶负担当作安全性注释 / 备选适应症线索，不是自动排除门槛 （Cell Genomics 全球生物库 proteome-wide MR；Alz Res Ther 2025 里 APOE2 仍是高优先靶点、 跨人群效应「最强且最稳定」）。PLEIO_MAX=100 也是本流水线自定的经验阈值 （docs 阶段六 §174 早已注明「不是文献标准」）。
修法：把多效性从 tier 链移出，改为 pleiotropy_flag + pleiotropy_note 两个独立列。 结果：
- APOE 保持 A1，但带上「⚠高多效: 工具SNP在692个性状上Bonferroni显著」注释
- AMD 仍是 6 A1 + 3 A2 = 9 个候选，与 PPT 的「9 个共定位支持候选」一致，PPT 不用改
- 四个下游（
08_replicate_iamdgc/10_eqtl_coloc/07_druggability/_singlecell_io） 的候选池经比对完全一致 → 无需重跑，省掉数小时与两次实时 API 调用
2.7 IAMDGC 样本量订正
| 旧 | 新 | |
|---|---|---|
manifest + 17_replicate_external.R | 16,144 / 17,832（= Fritsche 2016 IAMDGC 1.0） | 15,616 / 16,723（IAMDGC 2.0，文件表头实测） |
| 复制结果 | 59/81 | 59/81（不变） |
docs 与 PPT 在 2026-07-27 已订正为 2.0，但代码与 manifest 漏了。 另：真正在用的 6.47 GB 全量文件 IAMDGC_lateAMD_related_EUR_annotated.txt 此前从未进 manifest（数据溯源链断裂），现已入册为 AMD_iamdgc_full。
2.8 其他数字订正
| 项 | 旧 | 新 | 依据 |
|---|---|---|---|
| deCODE 适配体数 | 38 条 | 36 条（★2026-08-03 查明真因：不是"只有 36 条"，而是 4549_78_FUT5 与 7655_11_NT-proBNP 两个文件下载截断损坏、被静默跳过；且多适配体基因实为 APOL1、NPPB、TNFSF14，原写"仅 APOL1、TNFSF14"有误。两文件已重下修复，但复制层数值仍待重跑更新） | decode_rep_mr_allaptamers.csv 实测 |
| AGER×糖网 deCODE FDR | 7.9×10⁻⁶⁰ | 1.91×10⁻⁵⁹ | 旧值是核心-14 靶点版的 BH 分母（56/4）；扩到全 34 靶点后应为 136/4 |
| DR 单细胞「其他细胞类型」 | 7% | 2.2–8.6%，均值 5.4% | 实测六类细胞阳性率 |
| SMR 命中（DR 侧） | 「只有 TNXB」 | AGER + TNXB（均在 chr6 MHC 区） | smr_robust_hits.csv × 13 靶点交集 |
| SMR 命中（AMD 侧） | 「三个」 | 五个（APOE/CASP10/TNFRSF10A/AGER/TNXB），扣除 MHC 后可用三个 | 同上 |
| ieugwasr 版本 | 1.1.0 | 1.1.0.9000（开发版） | phewas_provenance.csv |
| 代谢物样本量 | 619,372 与 599,249 混用 | 论文 619,372｜实际所用 EUR meta 599,249 | 两个都对，但要分清 |
| 多组学矩阵 pQTL 层阈值 | PP ≥ 0.8 | PP ≥ 0.7（读 config） | 主链定稿值即 0.7；UKB-PPP 原文整合 pQTL×eQTL 亦用 PP≥0.7。影响：TGFB1(0.7604)、SPRY2(0.7395) 由黄格转绿格 |
三、新增的披露（原先没说的）
| 项 | 内容 |
|---|---|
| Strunz 2020 数据源 | 三性状共定位（pQTL+视网膜eQTL+疾病）实际用的是 Strunz，而它此前完全没出现在 PPT 的数据来源页与参考文献里；且「三性状共定位 0 个」与「EGA METR N=183/176」是两个不同分析，原先被缝成一句 |
| CFH 视网膜层不复制 | 视网膜 eQTL CFH×AMD b=+0.030 FDR 0.0099；同一工具在 IAMDGC 上 b=−0.006 FDR 0.757 —— 不显著且方向相反 |
| DR 单细胞混入非糖尿病样本 | GSE165784 六例是 5 例 PDR + 1 例 RRD，代码建了 disease 列但 CellChat/Slingshot/定位全部混算；RRD 单样本贡献 32.6% 的小胶质细胞 |
| AMD 单细胞 40.4% 分组未知 | GSE230348 的 50,723 细胞里 Unknown 组占 20,503（RPE 的 48.7%）；「36 份→22 份入选」主因是分组未知被排除，不只是细胞数 <20 |
| 两层全阴性但从未报 | Chen 2023 Metabolon 专项代谢物（15 检验 FDR 全 >0.05，最小 0.209）；Advani 视网膜 meQTL（13 靶点仅 1 个 CpG 拿到工具，p 全 >0.37） |
| PheWAS SNP 池口径 | 183 个工具 SNP 中 128 个只因 T1D/T2D 显著。基础病退出主跑后未重跑 PheWAS（避免重查实时库改动已核对数字），故分母偏大、Bonferroni 判定偏保守，如实披露 |
| 组织定位为配对设计 | EGA METR 同一供体同时贡献 NSR + RPE（183+176=359 份），原按非配对分析；现改用 duplicateCorrelation(block=donor)，logFC 方向量级不变、P 值更准 |
run_all.R 从未在真实数据上跑过 | config 的 demo 暴露/结局原是 tests 的玩具夹具（1,251 / 1,123 字节、假 rsID）→ 全套敏感性（Q/Egger/PRESSO/LOO/I²_GX/E-value）、双向 MR、STROBE-MR 报告、coloc.abf 在本课题从未产出。已改指真实数据。但单工具 cis-MR 数学上不适用多工具敏感性检验，这是设计使然，须在方法学中如实说明 |
四、相关
五、E 类（单细胞层）执行结果 — 含一处结论撤回
5.1 ⚠ MERTK「活化态丢失」这一层证据已撤下（六层 → 五层）
这是本轮最重要的变更。原先报的是 Slingshot 伪时序 ρ = −0.31，MERTK 随小胶质活化而下降。 按疾病分层重跑后发现，这个数字是两个人为因素叠加的产物：
- 混入了非糖尿病样本 —— GSE165784 的 6 例是 5 例 PDR + 1 例 PVR/RRD， 而 RRD 单例贡献了 32.6% 的小胶质细胞，原代码把它们一起算进了「DR 小胶质活化轨迹」。
- 任取了第 1 条支线 —— PDR 分层后 Slingshot 给出 6 条支线， 原脚本硬编码
pt[, 1]，只报第 1 条。
逐支线方向自校验（稳态标记 P2RY12/CX3CR1/TMEM119 应随伪时序↓、 活化标记 SPP1/LGALS3/APOE/TREM2/GPNMB/CD68 应↑）：
| 支线 | 细胞数 | 稳态↓ (/3) | 活化↑ (/6) | 方向可解释 | MERTK ρ |
|---|---|---|---|---|---|
| Lineage1 | 3,126 | 3 | 1 | ✗ | −0.178 |
| Lineage2 | 3,079 | 3 | 0 | ✗ | −0.224 |
| Lineage3 | 3,196 | 3 | 1 | ✗ | −0.217 |
| Lineage4 | 2,780 | 3 | 4 | ✓ | −0.040 |
| Lineage5 | 1,886 | 3 | 4 | ✓ | +0.121 |
| Lineage6 | 1,533 | 3 | 4 | ✓ | +0.171 |
只有在轨迹方向讲不通的支线上 MERTK 才是下降的。 方向自校验通过的三条支线里， MERTK 的 ρ 是 −0.04 / +0.12 / +0.17，全部不为负。据此主动撤下该证据层， MERTK 由「六层收敛」改为「五层收敛」：遗传提名 → 表达↓ → 小胶质定位 → GAS6/PROS1 胞葬轴 → 双组织表达。
代码已改为输出全支线 ρ 矩阵（gene_pseudotime_rho_ALL_lineages.csv） 与方向自校验表（lineage_direction_check.csv），两份都进补充材料。
5.2 DR 单细胞：定位与通讯改为 PDR-only
聚类整合仍用全部 6 例（保证整合稳定），但定位 / 通讯 / 轨迹三项下游一律只在 5 例 PDR 内做； RRD 单例另出描述性对照表，n=1 不作任何推断。
| 项 | 旧（混合 6 例） | 新（PDR only，5 例 7,145 细胞） |
|---|---|---|
| MERTK 小胶质平均表达 | 0.71 | 0.98 |
| MERTK 小胶质阳性率 | 25% | 34.5% |
| 其余细胞类型阳性率 | 六类 2.2–8.6%，均值 5.4% | 五类 1.4–9.7%，均值 5.5% |
| CellChat 显著通路 | 69 | 73 |
| CellChat 显著 L-R 对 | 655 | 701 |
| TAM 轴 L-R | 4 | 6（GAS6/PROS1 → MERTK/AXL） |
RRD 描述性对照（n=1，2,929 细胞）：仅 4 个细胞类型、24 条通路 —— 与 PDR 不可比，仅存档。
5.3 AMD 单细胞：Unknown 组 20,503 → 0
根因是两层，都不是「元数据缺失」：
- 本地
amd_manifest.csv只有 56 个样本，GEO 官方有 75 个。 - 补齐后仍剩 4 个样本对不上 —— GEO 自身元数据不一致：
GSM7441367的样本标题是22-12359-mRPE，但其补充文件名为GSM7441367_23-12359-mRPE_*（供体前缀 22 vs 23）。 同类问题见GSM7441369/GSM7441371/GSM7441373，官方标注均为 Intermediate AMD。
修复：改用 GSM 号做主键（标题名仅作回退），并加硬自检 —— 任何样本匹配不到官方标注即 stop()，不再允许静默产生 Unknown 组。
| 项 | 旧 | 新 |
|---|---|---|
| AMD 细胞 | 13,121 | 32,453 |
| 正常细胞 | 17,099 | 18,270 |
| Unknown | 20,503 | 0 |
| 伪 bulk 入选样本 | 22（AMD 10 / 正常 12） | 34（AMD 21 / 正常 13） |
| MERTK CPM 中位（AMD / 正常） | 19.9 / 17.6 | 32.5 / 16.4 |
| Wilcoxon p | 0.82 | 0.076 |
| log2FC | — | +0.71（AMD 侧偏高） |
⚠ 方向要如实讲：样本量翻倍后 MERTK 仍未达显著（p=0.076）， 但方向是 AMD 侧偏高，与「MERTK 功能丧失导致 AMD」的假说相反； 这与因果遗传层 MERTK 共定位 H4 仅 0.01、遗传不支持的结论是一致的。
5.4 对照口径（E5 / E6，Risteys 官方定义）
- E5：我先前的担忧被证伪。
DM_RETINOPATHY_STRICT与DM_NEPHROPATHY_EXMORE都是糖尿病人群内对照（对照须有DIABETES_FG），差别只在排除范围。无需改动。 - E6：确认口径不同。
DM_NEOVASCULAR_GLAUCOMA对照是一般人群（不要求DIABETES_FG）。 该终点 0 个显著蛋白，保留并披露 —— 看到阴性结果再删终点属于选择性结局报告，不可做。
5.5 一处过程性问题（如实记录）
四个项目在 WSL 里都是 git clone（origin = /mnt/f/project/<项目>）而非符号链接。 在 F 盘改脚本、在 WSL 跑 R，跑的是旧代码。实测比对：mr-pipeline 与 decode-rep 差异为 0 （→ 本轮 MR 主链重跑结果有效），multiomics-mr 差 1 个、dr-amd-targets 差 4 个， 均已同步并重跑。改完代码必须先同步再跑，已写入核查记录。
六、PPT 成品逐页核查（2026-07-28）
上面所有修复做完后，又对生成出来的两份 .pptx 二进制做了一次独立核查 （读 slide 文字与讲稿备注，把数字逐条对回 results/ 下的文件），查出 5 处问题，均已修。
6.1 ⚠ 本轮重跑的 11 张图，一张都没进 PPT
这是最严重的一处。02_visualize / 04_ldsc / 06_network / 03_phewas 在 2026-07-27 21:32–21:58 重新生成了图，但 PPT 取图的目录 docs-site/docs/public/ 里对应文件仍是 07-22 的旧版——也就是说文字已经改成新数值、图还是旧的。 最典型：LDSC 热图文字写"糖网×T1D rg=0.63"（换锚后），图却是换锚前的 0.795。
命名在两侧不一致（volcano_all ↔ pqtl_volcano_dm、forest_shared ↔ pqtl_forest_amd、 ldsc_rg_heatmap ↔ ldsc_rg_dm），历史上是手工改名同步的、没有脚本。 本次同步前用 PNG 像素尺寸逐张比对确认了映射关系（5 组全部尺寸一致），不是靠文件名猜：
| public 里的文件 | ← results 里的来源 | 尺寸校验 |
|---|---|---|
mrpipe/pqtl_volcano_dm.png | screen_R13_dm/figures/volcano_all.png | 8400×6600 一致 |
mrpipe/pqtl_volcano_amd.png | screen_R13_amd/figures/volcano_all.png | 8400×6600 一致 |
mrpipe/pqtl_forest_amd.png | screen_R13_amd/figures/forest_shared.png | 5400×4200 一致 |
mrpipe/ldsc_rg_dm.png | ldsc_R13_dm/figures/ldsc_rg_heatmap.png | 5400×4800 一致 |
mrpipe/ldsc_rg_amd.png | ldsc_R13_amd/figures/ldsc_rg_heatmap.png | 5400×4800 一致 |
共同步 18 个文件（含新增 pqtl_forest_dm.png、ldsc_h2_*、network_*、 upset_*、effect_heatmap_* 与 4 张 PheWAS 图）。
6.2 DR 分册缺"共享蛋白森林图"页
AMD 分册有森林图页，DR 分册没有 —— 意味着 H4 修复（共享蛋白 17 → 5）的成果 在 PPT 里完全看不见。已补为 DR 分册第 14 页（火山图之后，与 AMD 分册对称）。
6.3 两处页间自相矛盾
| 位置 | 原文 | 改为 |
|---|---|---|
| DR 第 30 页结论带 | "活化沿伪时序连续展开" | "右图伪时序仅作细胞状态展示（该轨迹的活化方向解读已撤下，见下页）" |
| DR PheWAS 页讲稿 | "数据集计数用的是返回结果里的数据集数…阈值偏松" | 改为订正后口径（50,164、阈值净严 6.5 倍），并补上"脱靶扫描阈值越严越可能漏掉隐患"的方向提示 |
第二处尤其要紧：同一页的图注已经写了"已订正为 50,164"，讲稿却还在念旧口径。
6.4 "正文 vs 补充材料"页跟进
Fig2 补上森林图；补充材料加入"Slingshot 逐支线校验表"； "Steiger/F/敏感性"改为如实表述（单工具 cis-MR 数学上不适用多工具敏感性检验）。
6.5 一次自己造成的返工（记录在案）
第一次插入新页时把 figure_slide 写在源码中间，导致其后所有 slide 的创建索引 +1， 而 reorder() 里的索引还是旧的 → 整个 DR 分册页序错乱（背景页跑到第 9 页、 参考文献插到第 28 页）。已改为"在末尾创建、由 reorder 定位"，与文件中既有的 "补齐的结果图（创建索引 35..39）"写法保持一致。
6.6 核对通过、未作改动的部分
| 项 | PPT | results/ 实测 |
|---|---|---|
| 并发症显著数 | 糖网10/黄斑9/神经4/糖肾6/青光眼0 | 一致 |
| AMD 家族 | 33 / 湿 26 / 干 25 | 一致 |
| 外部基础病 | T1D 57 / T2D 28 | 一致 |
| PheWAS | AGER 427/321、TNFRSF10A 7/6、CASP10 21/14 | 一致 |
| 共享蛋白 | 5 个 | ≥3 个并发症的正好 5 个 |
| LDSC | 0.63 / 0.03 | 一致 |
| 图号顺序 | 1→16 递增 | 一致（且图号在渲染出的 PPT 里不显示，仅为源码标签；可见的 Fig1–Fig5 是投稿正文图编号，另一套体系） |
仍未复核的：各图内部的点位标注（只核了生成时间、尺寸映射与配套数字）； SCALLOP 81%、deCODE 79.4%/83.6% 为上一轮核对结果、本轮未重算； 50,164 会随 OpenGWAS 增长变化，临投稿须再查一次。
6.7 顺带查实：跨并发症"共享蛋白"全部位于 MHC
用 EUR.bim（GRCh37）对 117 个工具 SNP 查坐标， ≥3 个并发症的 5 个共享蛋白无一例外落在 MHC / 扩展 MHC （AGER 6:32.16 Mb、HCG22 6:31.02 Mb、CFB 6:31.91 Mb、LTB 6:31.24 Mb 在经典 MHC； BTN2A1 6:26.50 Mb 在扩展 MHC）。全部 119 个显著蛋白中有 18 个在 MHC。
→ 这个"共享"不能读成"5 个蛋白同时驱动多种并发症"， 详见新增页MHC 区为什么是假阳性雷区。