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设计文档：MR 学习指南栏目 ​

计划新建栏目：docs.stlog.cn · mr/00-学习指南/

日期：2026-07-31 状态：已获用户认可，待写实施计划

1. 背景与现状 ​

用户是眼科博后方向、正在做 cis-pQTL × 糖尿病并发症 / AMD 的两样本 MR 课题，自评"新手，要好好理解"。

站内已有内容（实地清点，共 60+ 页）：

已有页面覆盖了什么
02-流水线与筛查/分析方法通俗解释完整的直觉版入门：RCT 类比、三条 IV 假设、cis vs trans、Wald ratio 拿 AGER 真实数字走一遍、按工具数选方法、全流程图、每步防什么错、共定位/PheWAS/LDSC、判读五问、FAQ、术语表
方法引擎/01–10逐步方法详解（数据读取/工具选择/谐化/估计/敏感性/共定位/多重检验/双向 MR/批量筛查/下游）
参考文献按分析阶段列方法学出处 + R 包 + 数据源。页面自述「仅整理真实出现的引用，未做扩充性罗列」
04-研究结果与结论/近5年相似文献对照、文献核查-已发表pQTL-MR与本课题重叠对照眼科/糖尿病 MR 的应用类文献已覆盖

据此确定的三个真空：

  1. 广义高分文献与学习路径——参考文献 页有意只收代码里实际引用的条目，不做扩充。系统性的"该读哪些、按什么顺序读、为什么读它"没有。
  2. 权威外部教程资源——教材、课程、术语词典、报告规范清单，站内完全没有。
  3. 直觉层之上的正式理论——现有入门页是打比方讲透的（写得好，不推翻），但缺：估计量的形式化定义、各类偏倚往哪个方向偏、NOME / InSIDE、样本重叠、winner's curse。这些是读方法学文献和应对审稿意见的门槛。

2. 目标与非目标 ​

目标

  • 补上上述三个真空，且不重复已有页面的内容，只做导航与深化。
  • 让用户读完能：按路线自学、看懂方法学文献的符号、判断一条 MR 结果可不可信、批判性地读别人的 MR 论文。

非目标（明确不做）

  • 不重写、不替换现有《从零开始读懂（小白入门）》。
  • 不收眼科/糖尿病 MR 的应用类文献（站内已有专页）。
  • 不做完整数学推导（用户已选"关键公式 + 逐项拆解"档位）。
  • 不重复 方法引擎/ 的实现细节，只在需要时链过去。

3. 交付物 ​

新建栏目 docs/mr/00-学习指南/，排在现有 01-入门与配置 之前。四个文件：

docs/mr/00-学习指南/
├── index.md                    栏目概览 + 三页导航
├── 学习路径与文献地图.md
├── 理论与公式逐项拆解.md
└── 怎么批判性地读一篇MR论文.md

3.1 页一 · 学习路径与文献地图 ​

  • 四级学习路线：读得懂 → 会跑 → 会判断 → 能应付审稿。每级给出：指定读物、为什么读它、预计投入、读完应能回答的问题。
  • 文献分档：奠基原典 / 权威综述 / 方法原始出处 / 报告规范 / 药靶 MR 专线（对应本课题设计）。
  • 外部资源：教材、公开课程、在线工具站、术语词典、报告清单。
  • 每条文献注明：期刊 + 年 + 卷页 或 PMID/DOI，以及一句话说明为什么它在这一档。

3.2 页二 · 理论与公式逐项拆解 ​

  • IV 三假设的形式化表述（与现有页的白话版互补，不重复）。

  • 关键公式：Wald ratio、IVW、MR-Egger、加权中位数、F 统计量、效应量方差。只给式子不推导，每个符号逐项解释"它是什么、为什么在这儿"。

  • 核心产出：偏倚方向总表（现有页面完全未涉及）：

    偏倚偏向哪本课题的防线
    弱工具偏倚两样本 → 偏向零；单样本 → 偏向混杂方向F 统计量，实测中位数约 790
    样本重叠把偏倚拉回单样本方向UKB（英）vs FinnGen（芬）不重叠
    Winner's curse暴露效应被高估 → 因果效应被低估工具取自独立发现队列
    水平多效性InSIDE 成立时 Egger 可校正；不成立时无通解cis 设计 + 共定位 + PheWAS
    NOME 违反MR-Egger 估计向零衰减I²_GX
    反向因果因果箭头画反Steiger 过滤 + 反向 MR

  • 每条偏倚三连标注：原始文献 ↔ 本课题哪一步防的 ↔ 站内哪页已讲实现。

3.3 页三 · 怎么批判性地读一篇 MR 论文 ​

  • 把 STROBE-MR 清单转译为"读别人论文时该问的十个问题"。
  • 十问覆盖：工具来源、F 统计量、样本重叠、人群匹配、多重检验、共定位做没做、OR 是否被线性外推、结局定义、MHC 区处理、反向因果。
  • 实例走查：用站内已有的《baseline 文章逐条对比 · Yuan 2023 Cell Reports Medicine》当活案例，把十问过一遍，与站内内容互相打通。

4. 已核实的核心文献 ​

以下每条均已联网查证到真实出处。来源层级说明：标题、期刊、年份来自多个独立来源（出版社页面 + 大学机构库 + PubMed）交叉一致；卷期页码读自检索结果摘要，未逐条打开期刊页面核对，写入正文前需再验一次。全文均未通读，正文中凡引用其结论处一律标注「据摘要」。

文献出处归档
Sanderson E, et al. Mendelian randomizationNat Rev Methods Primers 2022;2:6. DOI 10.1038/s43586-021-00092-5权威综述 · 理论骨架
Davies NM, Holmes MV, Davey Smith G. Reading Mendelian randomisation studies: a guide, glossary, and checklist for cliniciansBMJ 2018;362:k601. PMID 30002074页三主要依据
Challenges and future directions for Mendelian randomizationNat Genet 2026;58:984–994. DOI 10.1038/s41588-026-02546-6（有 Author Correction，s41588-026-02609-8）领域最新反思
Burgess S, et al. Guidelines for performing Mendelian randomization investigationsWellcome Open Res 2019;4:186（v3，2023 夏更新）. DOI 10.12688/wellcomeopenres.15555.3实操规范 · 十节
Hemani G, et al. The MR-Base platform supports systematic causal inference across the human phenomeeLife 2018;7:e34408. PMID 29846171TwoSampleMR 方法学原文
Schmidt AF, et al. Genetic drug target validation using Mendelian randomisationNat Commun 2020;11:3255. DOI 10.1038/s41467-020-16969-0⭐ 直接对应本课题 cis-pQTL 药靶设计

待写作时补充核实：Burgess & Thompson 教材版次、Davey Smith & Ebrahim 2003 IJE 奠基文、Lawlor 2008 Stat Med、Sanderson MVMR、样本重叠（Burgess 2016 Genet Epidemiol）、winner's curse 相关文献、STROBE-MR（站内 参考文献 页已有 Skrivankova 2021，需核对卷期）、MR Dictionary 等在线资源。

已在站内 参考文献 页出现过的方法学原始出处（IVW/Egger/中位数/众数/RAPS/PRESSO/coloc/HyPrColoc/BH）不再重复罗列，页一直接链过去。

5. 写作纪律 ​

  1. 每条引用联网核实到卷期页或 PMID/DOI 再写入，不凭记忆。
  2. 未读全文的明确标注「据摘要」，不把二手描述写成原文结论。
  3. 不重复造轮子：凡站内已讲过的，只做导航链接，不再展开。
  4. 脱敏：不写具体 IP、密码、内网地址（沿用站点惯例）。
  5. 中文正文遵循用户排版偏好：中文之间、中英文之间不加空格；英文短语内部空格保留。

6. 验收标准 ​

  • 四个 .md 文件齐备，无 TBD / TODO / 占位符。
  • 每条文献可点击验证，出处信息完整。
  • 偏倚方向总表六行齐全，每行都有"本课题防线"和站内链接。
  • 页三十问全部具体可操作，且用 Yuan 2023 实例走查过。
  • 与现有页面无实质重复；交叉链接双向可达。

7. 已知约束 ​

  • 本机没有 docs-site 源码（C 盘 / D 盘 / tencent / myserver 均已搜索确认）。产物先落在 D:\project\docs-待并入\mr\00-学习指南\，待用户把源码传到本机后再并入并 deploy.ps1 发布。
  • D:\project 不是 git 仓库，本设计文档无法 commit，仅落盘存档。

上线时的状态更新（2026-08-02）

本节两条约束是写作当时那台机器的情况，现已不适用：docs-site 源码在 F:\project\docs-site，本页即由该源码构建发布。

第 3 节的四个交付页面已于 2026-08-02 全部写完并上线 → MR 学习指南。本页自此转为存档性质的设计记录，实际内容以栏目页为准。

落地时有两处没有照本设计执行，均为刻意偏离：

  1. 第 3.2 节偏倚总表的"样本重叠"行，本设计写「UKB（英）vs FinnGen（芬）不重叠」。站内 外部 T1D 数据源与样本重叠 已于 2026-07-29 订正：外部 T1D 源 GCST90824163 含 UKB 44.5%。照抄等于把已撤回的说法重新发布，故改为量化披露（结局侧 5%–6%、病例侧 0.9%、偏倚 0.16%）。
  2. 第 5 节第 5 条的排版规则（中英文间不加空格）源自 Word 文档规范。全站既有风格带空格，故按站内风格执行。

另外，第 4 节自述"卷期页码未逐条核对"——上线时已全部经 Crossref 复核，并查出本设计的 Wellcome Open Res 一条年份应为 2023（v3 标题含 update for summer 2023）而非 2019。

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