主题
研究进展总览 · 新增分析一览
一页看全整条分析链、每步状态、以及本轮（2026-07 AMD 靶点验证）新增了什么。给导师汇报从这页开始。 🆕 = 本轮新增 ✅ = 完成 🔄 = 进行中 ⏳ = 待启动
一句话进展
从"糖尿病并发症泛靶点筛查"推进到AMD 靶点验证：新增了**整合靶点网络 + 可成药性 + 独立队列复制（MR + 共定位）**三层验证。主打靶点 TNFRSF10A 跨两个独立队列、两种分析全部过关。
2026-07-20 修订：三处"静默失败被当成结论"已修复并重跑
审计发现三个同源 bug——跨数据源的基因符号版本差 + 环境依赖失败被静默吞掉（详见阶段七各订正块）：
| 脚本 | 问题 | 对结论的影响 |
|---|---|---|
07_druggability.py | 代理写死，迁到 WSL 后不可达 | 13 靶点全 NOT_FOUND，覆盖了原本正确的结果（退出码仍为 0，无人察觉） |
10_eqtl_coloc.R | 查 WARS1，Strunz 里叫 WARS | WARS 被当"无数据"丢弃；修复后得 PP=0.96，为第二强 |
08_replicate_iamdgc.R | 候选写死 WARS1，索引里是 WARS | IAMDGC 复制只跑了 7/8；重跑 8/8，结论不变 |
主要结论（TNFRSF10A 主打、CSF2 可重定位、R9 线被共定位清空）均未改变，变化集中在 WARS 这一个候选和可成药性表的恢复。同时订正了两条与事实不符的旧记述（"WARS1 无 pQTL tar"、"该 SNP 不在 IAMDGC"）。
留给后续的判读原则：外部 API / 外部数据源类分析，整片空值或整批跳过要先怀疑环境，不能直接当结论。
2026-07-20 第二轮：全面方法学审计 + 候选池扩展，候选清单已重算
在上述工程 bug 之后又做了一轮方法学审计（详见方法学审计）， 再修 6 处并全量重跑；随后放宽候选门槛 + 补齐 30 个蛋白的区域数据 + 给 A 级分层。
候选清单变化（阶段六已重写）：
| 旧版 | 现在 | |
|---|---|---|
| R13 | 8 个 A 级 | 5 个 A1（跨病共定位）+ 4 个 A2（单病共定位） |
| R9 | 4 个 A 级 | 1 个 A1 + 12 个 A2 |
主要结论未被动摇：TNFRSF10A 仍是证据最完整的靶点（A1、跨 3 个 AMD 亚型共定位、 IAMDGC 独立复制 + 共定位复制均过、可成药方向一致）；CSF2 仍是最值得追的可重定位候选。
但两条必须写进论文的限定：① A2 是单病共定位，证据弱一档，不能与 A1 并列陈述； ② R9 线数量涨了三倍但证据强度没有同步提升，12/13 是 A2，不可据此说"R9 线其实很丰富"。
✅ MR 主体计算链已通过脱离流水线的手工复算
不调用流水线任何一行代码，从 UKB-PPP 原始表与 FinnGen 原始 .gz 手工算 TNFRSF10A： OR / CI / p / R² / F 等 10 个量全部吻合到浮点精度（相对差 ~10⁻¹⁵）； 另用 ABO/rs505922 补验了等位翻转分支，五个量完全吻合、效应等位正确统一。
⇒ 这是本轮唯一一件被证明对了、而不只是"没发现错"的事。脚本见 tools/manual_verify_*.py，方法见方法学审计 · 第十节。
⚠️ 但共定位、LDSC、PheWAS、单细胞只做了代码审阅，没有独立复算，可信度弱于 MR 主体。
一、完整分析链（原有 + 新增）
| 阶段 | 分析 | 脚本 | 状态 | 新增? |
|---|---|---|---|---|
| ① 主分析 | cis-pQTL MR 批量筛查（R9 23 + R13 14 结局） | analysis/01_screen.R | ✅ | 原有 |
| ② 验证 | T1D/T2D 参照（GCST + Mahajan） | 同上 | ✅ | 原有 |
| ③ 跨疾病 | UpSet 重叠 + MR-only 网络（阶段三） | analysis/02_visualize.R | ✅ | 原有 |
| ④ 共定位 | HyPrColoc 多性状 + 判定升级 | analysis/05_hyprcoloc.R | ✅ | 🆕 判定 |
| ⑤ 多效性 | PheWAS + Bonferroni 校正 | analysis/03_phewas.R | ✅ | 🆕 校正 |
| ⑥ 遗传相关 | LDSC（R9 + R13 双版本） | analysis/04_ldsc.R | ✅ | 🆕 R13 |
| ⑦ 整合网络 | MR ∩ 共定位 ∩ PheWAS → 候选靶点 + 方向 | analysis/06_network.R | ✅ | 🆕 全新 |
| ⑧ 可成药性 | Open Targets 药物 + 方向匹配 | analysis/07_druggability.py | ✅ | 🆕 全新 |
| ⑨ 独立复制（MR） | IAMDGC 晚期 AMD | analysis/01_screen.R | ✅ | 🆕 全新 |
| ⑩ 共定位复制 | IAMDGC 2 性状 HyPrColoc | analysis/08_replicate_iamdgc.R | ✅ | 🆕 全新 |
| ⑪ 组织落位 | 视网膜 eQTL 三性状共定位 | analysis/10_eqtl_coloc.R | ✅ NSR版 | 🆕 完成 |
| ⑫ 细胞定位 | 单细胞(HRCA)细胞类型表达 | analysis/11_singlecell.py | ✅ 完成 | 🆕 完成 |
| ⑬ 投稿图表层 | 火山/热图/区域共定位/PheWAS/LDSC/UMAP+富集检验 | analysis/12–15 | ✅ 完成 | 🆕 全新 |
二、本轮新增分析（详解）
🆕 ④ HyPrColoc 判定升级（不只是跑，更是"判得对"）
- 从"检出簇就算"升级为两条件：
PP > 0.7且蛋白自己在簇内 - 暴露了一个关键假象：MR 重叠排行前五（AGER/HCG22/CFB/BTN2A1/LTB）全是 chr6 MHC 区的 LD 巧合——病之间成簇但蛋白没进簇，R9/R13 互相印证
- 产出
hyprcoloc_verdict.csv（每蛋白一行判决） - 详见 下游分析 · 结果怎么看
🆕 ⑤ PheWAS 改 Bonferroni
- 原来固定
p<1e-5（非严格校正）→ 现按 243 SNP × 4687 数据集 = 阈值 4.39×10⁻⁸ 22,473 关联中 14,090 条（62.7%）Bonferroni 显著；APOE 校正后仍 685 表型（2026-07-18 旧口径，已作废）- 定稿（2026-07-27）：20,309 关联中 11,387 条 Bonferroni 显著；APOE 校正后仍 632 个表型。口径 = 117 SNP × 50,164 数据集 = 5,869,188 检验，阈值 8.52×10⁻⁹
- 供阶段⑦"高多效降级"用（>100 脱靶 → B 级）
🆕 ⑥ LDSC R13 版
- 原只有 R9 8 病；R13 加了糖网严格定义 + 湿/干 AMD 亚型（湿↔干 rg=0.851）
- ⚠️ 发现 R13 T2D↔糖网 rg 异常（0.049 vs R9 0.754），提示 R13 对照构成变化，待核实
🆕 ⑦ 阶段六 · 整合靶点网络（全新）
- 三关：MR（FDR<0.05）∩ 共定位（PP>0.7 且蛋白在簇内）∩ 方向筛选
- 分级 A（候选靶点）/ B（高多效或方向矛盾）/ C（仅 MR）
- R13 出 8 个 A 级候选；APOE 因 685 脱靶降 B 级
- 详见 阶段六·靶点网络
🆕 ⑧ 阶段七 · 可成药性（全新）
- Open Targets 查药物 + 动作类型 vs MR 方向匹配
- 🟢 CSF2（抑制方向，Phase 3 抗 GM-CSF，方向对）· TNFRSF10A（增强，AGONIST 方向对）
- 🔴 TGFB1 现成药方向反（不能重定位）
- 详见 阶段七·靶点验证框架
🆕 ⑨⑩ 阶段七 · 独立队列复制（全新，最硬的验证）
- IAMDGC（Fritsche 2016 晚期 AMD，与 FinnGen 完全独立）
- MR 复制：8 候选方向 100% 一致，TNFRSF10A p=1.6×10⁻⁹ 强复制
- 共定位复制：TNFRSF10A PP=0.9997 复制（其余因 IAMDGC 功效不足未达）
三、关键结论
★ 主打靶点：TNFRSF10A
跨两个独立队列（FinnGen + IAMDGC）× 两种分析（MR + 共定位）全部过关，且是已知 AMD 位点、可成药（AGONIST 方向对，Phase 2）。证据链完整。
方法学严谨性（本身是卖点）
共定位判定把自己 MR 阶段的头号发现 AGER 都否掉了（OR=0.14、P=9×10⁻⁸²、跨 15 结局，但共定位显示是 MHC 区 LD 假象）。整条链条经得起查。
课题重心已转向 AMD
R9 糖尿病并发症线基本被共定位清空（前五全是 MHC LD 假象），真信号在 R13 的 AMD 线且已独立复制。糖尿病并发症分析保留作方法学对照。
四、下一步
| 项 | 状态 |
|---|---|
| ⑪ 视网膜 eQTL 共定位 | ✅ NSR 数据就绪：Strunz(Regensburg)公开可下、全区域 nominal β/SE、hg38（实测可用）→ 可做 pQTL+NSR eQTL+AMD 三性状共定位；RPE 仍需 METR EGA 申请（数据源） |
| ⑫ 单细胞细胞定位 | ✅ 数据就绪：HRCA(CELLxGENE)公开可下，含 RPE/Müller；待搭新脚本（Seurat/scanpy，不改现有流水线） |
| 斑马鱼 CRISPR 验证 | 长前置期，可启动 |
相关：阶段六·靶点网络 · 阶段七·靶点验证框架 · 下游分析 · 差异对照·vs原始实现