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A 级候选的完整证据链与两处硬伤
2026-07-31 为汇报 PPT 重新定位（改为汇报课题本身）而做的全量数字核对， 查出两处会直接影响结论表述的问题。本页如实记录，已同步进 PPT（结果页 + 局限页）。
数字来源：
results/当前产物，提取脚本scratchpad/facts.R+facts2.R； PPT 审计脚本audit_ppt.py44 项回查全部 PASS。
一、三个 A 级候选的完整证据链
| ERMAP | IFNAR1 | APOL1 | |
|---|---|---|---|
| 结局 | 糖尿病黄斑病变 | 糖尿病黄斑病变 | 糖尿病黄斑病变 |
| 工具变异 | rs11210710 | rs914142 | rs136168 |
| 变异类型 | 基因上游变异 | 内含子变异 | 内含子变异 |
| 工具 F | 169.0 | 3,163.9 | 1,248.4 |
| OR（95% CI） | 0.329（0.197–0.552） | 0.782（0.696–0.878） | 1.521（1.249–1.853） |
| FDR | 4.3e-03 | 4.9e-03 | 4.9e-03 |
| HyPrColoc 簇后验 | 0.899 | 0.837 | 0.815 |
| coloc.abf PP.H4 | 0.967 | 0.940 | 0.926 |
| 糖尿病对照 | 并发症特异 | 并发症特异 | 并发症特异 |
| 反向 MR（FDR） | 0.883 未显著 | 0.618 未显著 | 0.735 未显著 |
| 多效性 | 低 | 低 | 低 |
| 视网膜落位 | AUC 0.536 无实质富集 | AUC 0.757 神经节细胞 | AUC 0.506 无实质富集 |
| 外部复制 | 无（黄斑病变无外部队列） | 无 | 无 |
| 可成药性 | 可成药，无已知药 | 可成药，方向一致，12 个已知药 | 可成药，无已知药 |
前十一行三者完全对等；差异全部出在最后三行。
二、硬伤一：ERMAP 与 APOL1 的组织落位证据不成立
问题
单细胞富集表（results/singlecell/celltype_enrichment.csv）里，ERMAP 与 APOL1 都有多条 sig = TRUE 的记录。但看 AUC 就会发现，这些「显著」没有任何实质含义。
三个候选在人视网膜 18 种细胞类型中的完整数值：
| 基因 | 最强细胞类型 | 表达细胞比例 | AUC | 全部 18 类的 AUC 范围 |
|---|---|---|---|---|
| IFNAR1 | 伞状神经节细胞 | 74.4% | 0.757 | 0.464 – 0.757 |
| IFNAR1 | 视网膜神经节细胞 | 63.8% | 0.711 | — |
| IFNAR1 | 小神经节细胞 | 62.8% | 0.713 | — |
| ERMAP | 视锥细胞 | 9.3% | 0.536 | 0.489 – 0.536 |
| APOL1 | 伞状神经节细胞 | 1.6% | 0.506 | 0.498 – 0.506 |
（对照：APOE 在 Müller 细胞 91.7%、AUC 0.945）
为什么会这样
单细胞图谱有数万个细胞。在这种样本量下，AUC 0.506 也能得到 p = 0。 sig = TRUE 反映的是统计显著性，与富集强度无关。
- APOL1 的最高表达比例只有 1.6%，18 种细胞类型的 AUC 全部落在 0.498–0.506 —— 与随机（0.5）无法区分。
- ERMAP 最高 9.3%，AUC 最高 0.536 —— 同样谈不上特异定位。
结论
不能声称 ERMAP 与 APOL1 在视网膜有特异定位
组织落位这一层只支持 IFNAR1（神经节细胞，74% 细胞表达，AUC 0.757）。
ERMAP 与 APOL1 需要另找组织学证据：换用 RPE / 脉络膜数据集， 或直接做免疫组化与原位杂交。
若按 FDR 显著性报出去，审稿人核对 AUC 时会立刻发现问题。
这是一个通用教训：单细胞富集分析必须同时报告效应量（AUC / 表达比例）， 只报 p 值或 FDR 会系统性夸大结论。
三、硬伤二：三个 A 级候选全无外部复制
问题
三个 A 级候选全部指向糖尿病黄斑病变，而黄斑病变没有可用的外部队列。
现有的外部复制覆盖情况（results/screen_R9_dm/replication_external.csv）：
| 复制队列 | 对数 | 方向一致 |
|---|---|---|
| MVP 糖网（GCST90475689） | 24 | 22（92%） |
| Salem 2019 糖肾 | 9 | 6（67%） |
| MVP 神经（GCST90475676） | 5 | 4（80%） |
| 糖尿病黄斑病变 | 0 | — |
暴露源对照（换平台不换人群）也帮不上忙：decode-rep 目前只跑了 AMD / 严格定义糖网两组结局， 没有覆盖 FinnGen R9 的糖尿病黄斑病变。
结论
A 级候选目前是「内部证据完整、外部证据为零」
必须在正文与局限中明确写出。可行的补救方向：
- 换暴露平台做交叉验证（成本最低）——用 deCODE SomaScan 的 cis-pQTL 重跑 ERMAP / IFNAR1 / APOL1 × FinnGen R9 黄斑病变。这不需要新的结局队列， 且能同时回应 Olink 亲和力平台的表位效应质疑。 ⚠ 需先确认 deCODE 是否有这三个蛋白的适配体。
- 寻找外部黄斑病变端点——MVP 糖尿病眼病端点、英国生物银行自建端点，或与已发表 GWAS 合作。
- 退一步的写法——把 A 级定位为「待复制的优先候选」，而非「已验证靶点」。
四、这两处对全局结论的影响
| 层面 | 影响 |
|---|---|
| A 级三候选是否成立 | 内部证据链（MR + 共定位 + 糖尿病对照 + 反向 MR + 多效）不受影响，五道全部通过 |
| 能否称为「靶点」 | 不能。缺外部复制，只能称「优先候选」 |
| 三者是否等价 | 不等价。只有 IFNAR1 同时具备组织落位与方向一致的已上市药 |
| 若只推一个 | IFNAR1——证据链唯一完整的一个 |
变异类型这一行是加分项，别漏掉
三个候选的工具变异全部是非蛋白改变型（ERMAP 上游变异、IFNAR1 与 APOL1 内含子变异）， 因此表位效应风险低——这对 Olink 这类亲和力平台是必须回应的质疑。 数据一直在显著表的 gene_consequence 列里，只是以前没提取出来。