主题
APOL1：从「拟升为第一候选」到「蛋白水平结论撤回」
一句话结论
我们的 APOL1 工具 rs136168 与已发表的糖尿病黄斑水肿位点 rs2239785（K150E，APOL1 自身的错义突变） 在 1000G EUR 中 r² = 1.000。而 Olink（抗体）与 SomaScan（适配体）对同一等位测出的 蛋白效应符号相反（−0.318 vs +0.378）。 → 「血浆 APOL1 水平升高导致黄斑病变」这一蛋白水平因果说法不成立，已撤回。 幸存的只有位点层面的关联——而它 2023 年就已发表。
〇、这一页为什么存在
Phase 1 原本的计划是把 APOL1 升为第一候选，理由是检索到一篇独立发表的多族裔 GWAS 把同一个基因、同一个表型、同一个方向做了出来。核对之后结论反了。 把过程完整记下来，因为「外部文献支持」在这里恰恰是降级的入口而不是升级的入口。
一、外部文献：rs2239785 与糖尿病黄斑水肿
Multi-ancestry GWAS · PMC10461827
| 项 | 内容 |
|---|---|
| 变异 | rs2239785（K150E 错义），效应等位 G |
| 效应 | OR 1.65，p = 2.0×10⁻²⁴（发现+复制合并） |
| 表型 | DME 特异——作者明确"聚焦 DME 亚型以降低异质性"，并验证非糖尿病本身驱动 |
| 队列 | RISE / RIDE / YOSEMITE / RHINE / PAGODA 临床试验；1,195 例 + 307 例复制，多族裔 |
| 该文单细胞 | APOL1 表达于视网膜免疫细胞与脉络膜内皮 |
二、LD：不是两个独立信号，是同一个
plink 1.9，1000G EUR，n = 503：
--ld rs136168 rs2239785:
R-sq = 1 D' = 1
Haplotype Frequency Expectation under LE
GG 0.218688 0.047824
AA 0.781312 0.610449
In phase alleles are GG/AA两者相距 488 bp（chr22:36,660,842 与 36,661,330）。 rs136168 的 r² > 0.6 伙伴共 46 个，rs2239785 在其中。
含义：我们并没有提供一个"独立信号"。我们提供的是"同一个信号的蛋白层解释"—— 而下一节说明，这个解释站不住。
三、方向：已发表位点在 FinnGen R9 里复制成功
results/platform_check/published_variant_lookup.csv
| 结局 | SNP | alt | beta | se | p | OR(alt = A) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 黄斑病变 | rs2239785 | A | −0.1301 | 0.0320 | 4.80×10⁻⁵ | 0.878 → OR_G = 1.139 |
| 黄斑病变 | rs136168 | A | −0.1334 | 0.0320 | 3.08×10⁻⁵ | 0.875 |
| 糖网 | rs2239785 | A | −0.0546 | 0.0195 | 5.06×10⁻³ | 0.947 |
| 糖网 | rs136168 | A | −0.0557 | 0.0195 | 4.31×10⁻³ | 0.946 |
A 等位降风险 → G 等位升风险，与文献（G，OR 1.65）方向一致。
量级小得多（1.14 vs 1.65），两个原因都要写： FinnGen 的「糖尿病性黄斑病变」比试验判读的 DME 宽；文献估计带赢者诅咒。
这一条是真的、可写的
这是一个在独立人群、独立设计下对已发表位点的成功复制。它该留在论文里， 但它是位点层面的，不能自动升级成蛋白层面的因果结论。
四、★★ 致命：两个测蛋白平台方向相反
results/platform_check/decode_r9dm.csv
| 平台 / 试剂 | EA | OA | EAF | β（对蛋白） | p |
|---|---|---|---|---|---|
| Olink UKB-PPP（抗体） | A | G | 0.813 | −0.318 | — |
| SomaScan 11510_31（适配体） | A | G | 0.849 | +0.378 | 1.83×10⁻²⁵¹ |
| SomaScan 9506_10（另一适配体） | A | G | 0.849 | +0.016 | 0.176（无信号） |
同一个效应等位、EAF 一致（0.81 / 0.85）、量级几乎相同、符号相反。 已逐条打印两平台原始等位与频率手工核对，排除等位对齐错误。
第三个试剂给出第三个答案。而在 11510_31 上， rs2239785 的 p（3.663×10⁻²⁵³）比 rs136168（1.831×10⁻²⁵¹）还强 ——与「K150E 才是真正影响测定的那个变异」完全一致。
传导到 MR：
| 黄斑病变 | 糖网 | |
|---|---|---|
| Olink | b = +0.420（OR 1.52） | b = +0.175 |
| SomaScan 11510_31 | b = −0.353（OR 0.70） | b = −0.147 |
机制
rs2239785 是 APOL1 蛋白自身的错义突变（K150E），与我们的工具 r² = 1。 抗体与适配体的结合表位不同，各自被这个氨基酸替换扰动的程度和方向也不同。 测出来的"丰度变化"其实是结合力变化。这是蛋白组 MR 里的经典陷阱。
因此：
- ❌ 「血浆 APOL1 水平升高 → 黄斑病变风险升高」——撤回
- ❌ 基于"降低 APOL1 丰度"的成药性推论——作废
- ✅ 位点关联本身——成立，但 2023 年已发表，我们的贡献是在 FinnGen 独立复制
- ⚠️ APOL1 仍可能通过功能（而非丰度）参与——但 pQTL-MR 这个设计测不了
五、★★ 跨平台已全部做完（2026-08-03 定稿）
三个候选、四条适配体，在一个抗体平台 + 两个独立适配体队列上全部测到。 results/platform_check/xplat_final.csv
| 蛋白 | 适配体 | Olink 抗体 (UKB-PPP) | SomaScan · deCODE (n≈35.4 万分之 3.5 万) | SomaScan · ARIC (n=7,213) | 判定 |
|---|---|---|---|---|---|
| IFNAR1 | 9183-7 | −0.450 | −0.1663 p=1.05×10⁻⁶⁹ | −0.3917 p=8.0×10⁻⁹⁹ | ★ 三方同向 → 通过 |
| ERMAP | 8631-13 | −0.091 | +0.0039 p=0.619 无信号 | −0.0495 p=2.9×10⁻³ | Olink 信号不复制 |
| APOL1 | 11510-31 | −0.318 | +0.3779 p=1.8×10⁻²⁵¹ | +0.4616 p=7.8×10⁻¹¹¹ | ★★ 两队列均反向 |
| APOL1 | 9506-10 | −0.318 | +0.016 p=0.176 | +0.0083 p=0.694 | 第二适配体两队列均无信号 |
三条 ΔEAF 分别为 0.034 / 0.035 / 0.036（阈值 0.08），等位对齐经频率互补性检验，可信。
ARIC 为什么不能省
只有 deCODE 的话，比较的是 UKB（英国·抗体）vs deCODE（冰岛·适配体）——平台与人群同时在变， 方向不一致可以被归因于人群差异。ARIC 是第三个人群（美国）但仍是 SomaScan， 它复现了 deCODE 的方向，从而把差异锁定在平台而非人群。这一条 deCODE 自己给不了。
覆盖完整性：对照 Eldjarn 2023 补充表 ST2 的 SomaScan 全清单（5,029 条适配体），我们三个候选在整个平台上总共就只有这 4 条适配体， ARIC 全部覆盖。
5.1 IFNAR1：唯一全部通过的候选
三个测量、两种技术、三个人群，方向全部为负且高度显著。量级差异（−0.450 / −0.392 / −0.166） 属队列间常态，跨平台只比方向，不比量级。
一次虚惊也查清了：deCODE 自己的表里，IFNAR1 的 6 个 cis-pQTL 有 4 个被标注与 IFNAR1 自身编码变异连锁。 但实测我们的工具 rs914142 与其中最强的 rs2257167 只有 r²=0.058， 另两个 MAF 仅 1.95% 与 0.24%，在数学上无法标记一个 MAF 27% 的变异。 → 我们的 IFNAR1 工具没有在标记任何编码变异，与 APOL1 的情形完全不同。
5.1b 把差异传导到因果估计上：换平台重算 MR
上表比的是暴露侧。这一节把它传导到最终结论——疾病侧数字与主分析完全相同， 只把分母（暴露 β）从 Olink 换成 SomaScan，重算同一个 Wald 比值。
results/platform_check/r9_somascan_mr.csv
| 结局 | 蛋白 | Olink (UKB-PPP) | SomaScan·deCODE | SomaScan·ARIC | 判定 |
|---|---|---|---|---|---|
| 黄斑病变 | IFNAR1 | OR 0.782 | OR 0.514 | OR 0.754 | ★ 三平台全为保护性 |
| 黄斑病变 | APOL1 | OR 1.521 | OR 0.703 | OR 0.749 | ★★ 方向翻转 |
| 黄斑病变 | ERMAP | OR 0.329 | 无法计算 | 无法计算 | ★ 另一平台无有效工具 |
| 视网膜病变 | IFNAR1 | OR 0.924 | OR 0.808 | OR 0.914 | 三平台全为保护性 |
| 视网膜病变 | APOL1 | OR 1.191 | OR 0.863 | OR 0.886 | 方向翻转 |
| 视网膜病变 | ERMAP | OR 0.961 | 无法计算 | 无法计算 | 同上 |
- IFNAR1：三个平台一律指向保护，换测蛋白技术不改变方向 → 结论稳健
- APOL1：抗体说有害、两个适配体队列都说保护 → 用哪种试剂决定得出哪个结论， 撤回不只是暴露侧的问题，在最终估计上同样成立
ERMAP 那两格必须写"无法计算"，不能写阴性
分母不合格：deCODE 上该变异 p=0.619、F=0.2；ARIC 上 p=0.0029、F=8.9，均达不到 F≥10。
分母接近零时 Wald 比值会被放大成荒谬数值——本课题在 FABP6 与 PON1 上就见过 −72 与 +82。 所以正确表述是：另一平台没有有效工具，此检验做不了。 既不能说"复制成功"，也不能说"被推翻"。
5.2 ERMAP：不是"效应弱"，是"测不准"
在 n=35,367 的最大 SomaScan 队列里 p=0.619 —— 完全没有信号。 这比之前"未过 cis Bonferroni"的 说法强得多。更关键的是 Eldjarn ST6 在同一批人身上同时用两个平台测 ERMAP，相关性只有 r = −0.026（p=0.33，不显著）：
| 蛋白 | 适配体 | 两平台测量相关性 |
|---|---|---|
| APOL1 | 11510-31 | 0.687（p=5×10⁻¹⁹¹） |
| IFNAR1 | 9183-7 | 0.188（p=5.7×10⁻¹³） |
| ERMAP | 8631-13 | −0.026（p=0.33） |
→ 两个平台对 ERMAP 测的根本不是同一个东西。 ERMAP 的问题在测量本身， 这是它的第 13 条反对理由。
「没测」与「测了没有」的历史记录保留在此
本页 2026-08-01 版曾如实标注 IFNAR1「未测，不是阴性」、ERMAP「未下载，不是无适配体」。 两者现均已实测，上表取代该状态。保留这段说明是因为： deCODE 官网当时持续中断长传输（HTTP/2 流在 11–29 MB 处被重置、不支持 Range、掐同 IP 并发）， 08-03 才恢复。这类"下载失败"绝不能在下游被读成"测了没发现"。
五之二、★ 订正：单细胞阴性的适用范围（我们自己也犯了同一个错）
写完上一节之后核查发现，我们此前多处写的 「ERMAP 与 APOL1 的视网膜单细胞富集 AUC 仅 0.51–0.54，组织证据不成立」说过头了。
那篇 DME 论文报告 APOL1 表达于「视网膜免疫细胞与脉络膜内皮」。 核对我们所用图谱的细胞类型构成（results/singlecell/celltype_enrichment.csv，共 18 种）：
| 文献报告的表达部位 | 我们图谱是否覆盖 |
|---|---|
| 视网膜血管内皮 | ★ 未覆盖 |
| 脉络膜内皮 | ★ 未覆盖 |
| 周细胞 | ★ 未覆盖 |
| 免疫细胞（小胶质以外） | ★ 未覆盖 |
| 小胶质细胞 | 覆盖（APOL1 表达 1.0%，AUC 0.504） |
图谱的 18 种细胞全部属于神经视网膜、视网膜色素上皮、星形胶质与小胶质： 双极细胞、无长突细胞、水平细胞、视锥/视杆、各类神经节细胞、Müller 细胞、RPE、星形胶质、小胶质。 没有血管内皮、没有周细胞、没有脉络膜——恰恰是文献说 APOL1 在的那几类。
正确表述
在图谱覆盖的 18 种细胞里，APOL1 未见富集； 文献报告其表达的血管与脉络膜细胞类型不在本图谱范围内，属「未覆盖」而非「阴性」。 这一条不能再作为否定 APOL1 组织证据的依据。
这正是本页第七节和方法学入门 0.13 节 所警告的「把没测当成测了没有」——我们自己在 APOL1 的单细胞证据上犯了这个错。
IFNAR1 不受此限制：它的信号在视网膜神经节细胞（伞状神经节细胞表达 74.4%，AUC 0.757）， 神经节细胞在图谱覆盖范围内，所以 IFNAR1 的阳性组织证据成立。
五之三、IFNAR1 的方向与小鼠功能实验一致
干扰素信号在视网膜是保护性的，有独立的实验证据 （PMC4888856）：
- 完全敲除干扰素 α/β 受体（Ifnar）→ 加重视网膜单核吞噬细胞活化、促进脉络膜新生血管
- 系统性给予 IFN-β 治疗 → 减轻小胶质与巨噬细胞反应、显著缩小新生血管面积
我们的 MR 结果：血浆 IFNAR1 越高，黄斑病变风险越低（OR 0.782）—— 即干扰素受体信号更强对应风险更低，与功能实验方向一致。
这不是因果证据，但它是一条独立于遗传学的旁证，且方向没有矛盾。 在 APOL1 撤回、ERMAP 降级之后，这是 IFNAR1 目前最有分量的外部支持。
六、对全篇的影响：三个 A 级候选全部动摇
| 候选 | 现状 | 依据 |
|---|---|---|
| ERMAP | 降级 | 糖网端 28 倍衰减；视网膜 eQTL 在 Strunz 不复制且方向与血浆相反；文献检索不到视网膜表达（Scianna 血型抗原）；b_exp 仅 −0.091（弱工具放大 Wald）。单细胞 AUC≈0.5 这一条按五之二的图谱覆盖限制，只能作弱证据 |
| APOL1 | 蛋白水平结论撤回 | 本页 |
| IFNAR1 | 暂为唯一站得住的 | 单细胞阳性（伞状神经节细胞 74.4%，AUC 0.757）；小鼠功能方向一致——Ifnar 敲除加重脉络膜新生血管、IFN-β 治疗缩小 CNV（PMC4888856）。但跨平台未测 |
下一步最高优先级：重下 deCODE 的 IFNAR1 适配体文件。 它决定还剩几个候选。
七、方法学教训（值得写进 Discussion）
- cis-pQTL 落在靶蛋白自身的错义变异附近时，必须先做跨平台检验。
r²=1于一个 missense，是表位伪影的高危信号。 - 单平台的强 pQTL（p=10⁻²⁵¹）不构成丰度证据。 越强的结合扰动，p 越小。
- 多适配体互相矛盾本身就是证据。 同一蛋白两个适配体给出 0.378 与 0.016， 说明测的不是同一件事。
- 外部文献一致不等于我们的解释正确——它可以一致在位点层，而我们错在机制层。