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论文标题定稿、四象限主图与候选收敛(2026-08-03)

一句话

立意从「筛出三个优先候选」改为「多数关联其实来自糖尿病易感性」, IFNAR1 作为唯一存活候选跟随。即便 IFNAR1 日后再被削弱,主句仍然成立。


一、标题(已定稿,不再改立意)

英文

Most plasma protein associations with diabetic microvascular complications reflect diabetes liability: proteome-wide cis-pQTL Mendelian randomization identifies IFNAR1 as a complication-specific candidate

中文

血浆蛋白与糖尿病微血管并发症的关联多数源自糖尿病易感性——全蛋白组 cis-pQTL 孟德尔随机化鉴定 IFNAR1 为并发症特异候选靶点

Running title:Diabetes liability confounds proteomic MR of diabetic complications

摘要该用哪个数

⚠️ 摘要用 37%,不用 61%。 真正「并发症特异或增强」的只有 21/57 = 37% (并发症特异 10 + 并发症增强 11);其余 63%(糖尿病驱动 35 + 方向背离 1)都不是。 这个数比 61% 更有冲击力且完全准确。标题里保留 "Most"(35/57 = 61%,字面成立)。

2026-08-05 数字变更

T1D 源等位频率反转修复后,「糖尿病驱动」由 30(53%) 变为 35(61%)、 「方向背离」由 6 变为 1——5 条(TRIM40×2、SIGLEC5×2、WARS)翻正后落入糖尿病驱动。 37% / 63% 两个主句数字不变(5 条在同一个「63%」桶内移动)。 详见判定标准与 skill 合规打分


二、主图 1 换成保留符号的四象限散点

原图 diabetes_contrast_scatter 两轴都取 |β|,把 13 条「糖尿病端与并发症端异号」 的关联折叠进了同号点堆里,方向背离在图上完全看不出来,此前只能在 PPT 备注里口头交代。

新图 diabetes_contrast_scatter_signedanalysis/33_figures_new.R)两轴保留符号:

象限x = 糖尿病端 βy = 并发症端 β对数
++20
二(灰底)+8
24
四(灰底)+5

⚠️ 异号是第二、第四象限。第三象限两端同为负,仍属同向——早先写过「二三象限即背离」, 是错的,已订正。

⚠️ 8 条异号 ≠ 8 条方向背离:其中只有 1 条判为「方向背离」(糖尿病端本身显著), 另 7 条判为「并发症特异」——糖尿病端 p ≥ 0.05、估计值近零,符号只是噪声。 这条已写进图注,正文里不要把 8 条混为一谈。 (2026-08-05 前该数为 13 异号 / 6 背离,T1D 频率修复后变为 8 / 1。)

旧的 |β| 版一并保留,未覆盖。


三、靶点表述:三个候选是三种不同的下场

蛋白决定性检验结果最终表述
APOL1跨平台同变异比对Olink 与两个 SomaScan 队列方向相反(OR 1.521 / 0.703 / 0.749)血浆水平机制已排除
ERMAP同上两个 SomaScan 队列都无合格 cis 工具(deCODE p=0.619, F=0.2;ARIC F=8.9)待验证,既不能证实也不能证伪
IFNAR1同上 + 区内第二工具 + 赢者诅咒三平台同向保护(OR 0.782 / 0.514 / 0.754);但区内第二工具零效应 Q p=0.035,糖网端在功效 1.000 下仍不过 FDR唯一存活的主候选,带两条保留

不要再写「三个 A 级候选」并列。 三者分别是「被排除 / 无法判定 / 存活但有保留」, 并列书写等于把「没做成的检验」和「做了没通过的检验」都算成支持证据。 APOL1 这一条最有价值的地方恰恰在于它被推翻了——它证明跨平台验证不是走过场。


四、汇报 deck 重排(79 → 80 页)

旧 deck 的结构性毛病:第 55 页把三个候选并排展示为「完整证据链」,而推翻其中两个的证据 一个在它前面 17 页、一个在它后面 15 页。听众在第 55 页得到的是一个已经作废的印象。

重排后的论证链:

筛查 → 糖尿病对照臂(主句·新散点图为主图 1)→ 遗传结构 → 两法共定位
     → 其余排查 → 组织落位 → 候选收敛(并排 → 逐个证伪 9 页 → 三进一收敛页)
     → 讨论 → 附录(导师代码对标 5 页 + 共定位补充 5 页)

三处同时修掉的问题:

  • 顶栏高亮错位:讨论段之后有 13 页把顶栏高亮在「研究结果」「数据与方法」上(kicker 与所在章节不符)
  • 封面数据版本写成 FinnGen R13:那是 DR/AMD 那条线的元数据(make_ppt.py 的全局 META), 本 deck 全程用 R9,与自己第 9 页的数据表和所有图注矛盾。已给 R9 deck 单独一份 META_R9
  • 目录与分节页仍写「三法共定位」:SuSiE 已降为方法学说明、不参与判定,改为「两法共定位」

五、审计

脚本断言数
原有 8 个269
verify_signed_scatter.py(新)33
verify_deck_order.py(新)41
合计343,零失败

verify_deck_order.py 管的是页与页之间的先后——其余审计全部只管「某一页的内容对不对」, 对顺序错误完全无感,而这次改动本身就是顺序改动。它断言:论证链顺序、证伪材料必须 连续地夹在并排页与收敛页之间、顶栏高亮与所在章节一致、收敛页三种结局措辞齐全。

一键跑:cd F:\project\汇报PPT && python run_all_audits.py

两份结果稿另有各自的审计:中文 audit_zh_docx.py 42 项、英文 audit_en_docx.py 30 项, 均零失败。一键重建:cd F:\project\结果稿脚本 && python run_all_docx.py

★ 五个生成/审计脚本原先只存在于 session scratchpad,换会话就丢,两份 Word 交付物将无法再生成。 已挪到 F:\project\结果稿脚本\ 持久化(挪之前先验证生成脚本能逐字节复现原文档)。


六、两份结果稿的同步状态

中文详细版英文 Results
规模337 段 / 33 表 → 382 段 / 37 表154 段 / 22 表 → 187 段 / 26 表(约 6,415 → 10,055 词)
新标题✅(v2, 2026-08-03)
任务 1 区内异质性5.1110b
任务 2 赢者诅咒5.1210c
任务 3 共定位影响面10.1 末Table R9 后
候选收敛(三进一)5.1310d
index event bias / 对照定义5.3第 4 节
Spearman 0.671 → 0.594 订正

英文稿另修掉两处稿内自相矛盾

  1. 附录表号重复——R4、R5、R6、R7 各被用了两次(两批附录各自从 R1 重新编号),已重排为 R1–R11 唯一。
  2. 摘要写 "after four sequential filters",而第 10 节明确写着不能这么表述——本数据下 「非 MHC」与「方向未判为相反」两条判据从未触发,A/B 分界实际只由糖尿病对照分类决定。 摘要已改写并加了审计断言。

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