跨平台 OR 表怎么读

一句话：那张「Olink / SomaScan·deCODE / SomaScan·ARIC 三列 OR」的表， 不是三次独立复制，是同一个检验换了三个分母。它测的是「蛋白测得准不准」（表位伪影），不是疾病关联的独立验证。

成文日期：2026-08-07　触发：用户追问「上次的结果为什么是那样」

一、那张表长什么样

结局	蛋白	Olink (UKB-PPP)	SomaScan·deCODE	SomaScan·ARIC	判定
黄斑病变	IFNAR1	OR 0.782	OR 0.514	OR 0.754	★ 三平台全为保护性
黄斑病变	APOL1	OR 1.521	OR 0.703	OR 0.749	★★ 方向翻转
黄斑病变	ERMAP	OR 0.329	无法计算	无法计算	★ 另一平台无有效工具

这张表在 PPT 与论文草稿里都用过。它容易被读成「三重证据」，那是误读。

二、★★ 它是怎么算出来的：三列只换分母

单 SNP Wald 比：

b = \frac{β_{结局}}{β_{暴露}}

三列共用同一个变异、同一份结局数据（FinnGen R9 黄斑病变），只把分母的 $β_{暴露}$ 换成各平台自己测的值：

平台	IFNAR1 的 β暴露	→ OR
Olink	−0.4500	0.782
deCODE	−0.1663	0.514
ARIC	−0.3917	0.754

deCODE 测出的效应量最小（−0.17），所以除出来的 OR 离 1 最远（0.514）。 OR 的差异纯粹来自各平台测量尺度不同，不含任何额外的疾病关联信息。

三、★★★ 决定性证据：三列的 p 值一模一样

IFNAR1  三平台 p = 3.416e-05 / 3.416e-05 / 3.416e-05
APOL1   三平台 p = 3.080e-05（三个都是）
ERMAP   三平台 p = 2.431e-05（三个都是）

原因：单 SNP Wald 比下

z = \frac{b}{s e} = \frac{β_{结局} / β_{暴露}}{| s e_{结局} / β_{暴露} |} = \frac{β_{结局}}{s e_{结局}}

$β_{暴露}$ 被约掉了 —— p 值完全由结局侧决定。 三列共用同一份结局数据，p 当然相同。

→ 三列不是三个检验，是一个检验的三种刻度表达。

写作时的红线

不能写成「在三个独立队列中得到验证」「三重证据支持」。正确写法是：「该 cis-pQTL 的效应在三个蛋白测定平台上方向一致」—— 这是测量效度的陈述，不是关联强度的陈述。

四、那张表真正回答的问题

同一个变异对蛋白的效应，不同测量平台是否一致？

这是表位伪影检查：Olink 用抗体、SomaScan 用适配体，若哨兵是蛋白编码变异（PAV）破坏了结合位点， 测到的"蛋白水平变化"其实是"结合力变化"，两类试剂会给出不同甚至相反的结果。

逐行解读

IFNAR1「三平台全为保护性」 = 三个平台测出的 cis-pQTL 效应符号一致（都是负） → Olink 的测量不是表位伪影。deCODE 的 rs914142 p=1.05e-69、ARIC p=8.04e-99，都同向。

APOL1「方向翻转」 ← 这才是这张表最有价值的一行 = Olink 测出 −0.318，两个 SomaScan 队列测出 +0.378 / +0.462——符号反了。同一个变异、同一个蛋白，两类试剂给出相反的效应，只能是测量层面的问题。结合「哨兵 rs136168 是 PAV」，据此撤回了「APOL1 血浆水平致病」的结论。

ERMAP「无法计算」 ⚠️ 这个措辞不准确，要改 真实情况是：deCODE 在该位点无 cis 信号（β=+0.0039, p=0.619）。拿一个本质为零的数当分母，OR 会算出 $1.8 \times 10^{11}$ 这种无意义的值。

「无法计算」听起来像缺数据（无信息）；「另一平台在该位点无 cis 信号」是有数据但无信号（有信息）。 两者含义完全不同，必须改回后者。

★ 另：APOL1 的第二个适配体 9506_10 在两个 SomaScan 队列里也都不显著（deCODE p=0.176、ARIC p=0.694），同属「有数据但无信号」，不能当作方向证据。

五、与第 4a 步（换暴露平台重选工具）的关系

两个互补的问题，谁也替代不了谁：

	这张表（同变异跨平台）	第 4a 步（重选工具）
换什么	只换测量平台	换平台并重新选变异
问什么	蛋白测得准不准？（表位）	换套工具，因果结论还成不成立？
p 值	三列恒等（由结局侧决定）	每个工具各自的 p
IFNAR1	✅ 三平台同向，通过	✅ 判为 `robust_to_instrument_selection`
APOL1	❌ 方向翻转（表位伪影）	❌ 判为 `opposite`（FDR 4.9e-05）

★ 这正是 v4 §2.3 里「4a / 4b 盲区互补」那条的具体体现。

六、待办

[ ] 把 xplat_final.csv 摘要里 ERMAP 的「无法计算」改成「另一平台在该位点无 cis 信号（p=0.619）」
[ ] PPT 与论文草稿里凡出现这张表的地方，图注必须写明「三列共用同一结局数据， p 值相同；本表反映测量一致性，非独立复制」
[ ] 检查是否有别处把「三平台同向」当作三重证据引用

七、数据出处

results/platform_check/xplat_final.csv（4 行：IFNAR1 / ERMAP / APOL1×2 个适配体）
正向效应量：results/screen_R9_dm/Maculopathy_all.csv
复算脚本见本页 §二/§三的公式，任何人可用上述两个文件逐行还原

跨平台 OR 表怎么读 ​

一、那张表长什么样 ​

二、★★ 它是怎么算出来的：三列只换分母 ​

三、★★★ 决定性证据：三列的 p 值一模一样 ​

四、那张表真正回答的问题 ​

逐行解读 ​

五、与第 4a 步（换暴露平台重选工具）的关系 ​

六、待办 ​

七、数据出处 ​