05 · 工具与软件清单

不用一次装全，按"现在用得到"装。带 ⭐ 的几乎人人要用。

A. 文献管理与阅读 ⭐

Zotero（免费、开源，强烈推荐）或 EndNote（很多医院有校园授权）——管理文献、一键插入参考文献、配合笔记。
Connected Papers / Semantic Scholar / Research Rabbit——快速建立领域文献地图。
PDF 标注：Zotero 自带 / Adobe Acrobat / PDF Expert。

B. 统计分析 ⭐

GraphPad Prism ⭐——生物医学论文画图+常用统计（t 检验、ANOVA、生存曲线）首选，几乎所有 wet-lab 论文用它出图。
SPSS——临床流行病学、回归、诊断试验，医院常见授权。
R / RStudio——免费、强大，复杂统计、生信、可重复分析；学一点终身受益。
（Python 也可做统计，见 D。）

C. 影像处理与分析 ⭐

ImageJ / Fiji ⭐——免费，斑马鱼血管密度、视网膜分层厚度、荧光定量、细胞计数的主力工具。
共聚焦厂家软件（Zeiss ZEN / Leica LAS X / Nikon NIS）——采集与三维重建。
Imaris（付费，三维血管/神经元重建分析，组里若有授权很香）。
QuPath（组织切片定量，开源）。
图像排版：Adobe Illustrator 或免费 Inkscape（拼图、画机制示意图）；示意图素材可用 BioRender（付费，论文图神器）。

D. 编程 / AI / 生信（按需）

Python（Anaconda） + Jupyter——数据分析、自动化图像量化、深度学习。
PyTorch（DR 影像 AI 首选框架）；如做 AI 分级/分割，配 OpenCV、scikit-image、scikit-learn。
生信（如做 RNA-seq / 单细胞）：R 的 Seurat、DESeq2/edgeR、富集分析（clusterProfiler）；在线工具 GEO2R、DAVID。
Git / GitHub——代码与分析流程版本管理，保证可重复。

E. 写作与协作

LaTeX（Overleaf） 或 Word——Word 在医学界更通用，配 Zotero 插件即可。
学术英语：DeepL / 翻译 + Grammarly（润色）；投稿前可找母语润色服务。
AI 辅助（合规使用，注意期刊政策与数据保密）：用于查资料、润色、整理思路，不可代写学术内容、不可上传未发表敏感数据/患者信息。
笔记/知识库：Obsidian / Notion / OneNote——建你的"课题 wiki"。

F. 数据库 / 在线资源（见 03 F 节）

PubMed、Web of Science、ZFIN、Ensembl、Addgene、CNKI、bioRxiv。

G. 实验记录与数据管理 ⭐

电子实验记录本（ELN） 或规范的纸质记录本——每个实验记日期、目的、步骤、原始数据位置、结论。
原始数据备份：本地 + 实验室服务器/网盘双备份；命名规范（日期_实验_条件_重复）。患者影像必须脱敏后存储。

最小可用工具栈（先装这几样开工）

Zotero + GraphPad Prism + Fiji(ImageJ) + Office/Word + 一个笔记软件。等课题展开再按需加 Python/PyTorch、R/Seurat、Imaris、Illustrator。