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15 · 参考文献（配 11–14 全套 SOP） ​

可靠性说明（重要，请认真看）：

  • 带 PMC/期刊 URL 的条目，链接由我检索核对过，可直接点开验证。
  • PMID/卷期页码部分凭专业记忆给出，可能有个别小误差——正式写进论文/本子前，请用标题在 PubMed 复核一次(把标题粘进 pubmed.ncbi.nlm.nih.gov)。
  • 标注"代表性方案"的协议，其具体参数需按你实验室实际校准，不要照搬当成某文精确值。
  • 引用格式可用 Zotero(见 05)按标题自动抓取准确元数据。

A. CRISPR/Cas9 基因编辑方法（对应 13） ​

  1. Jao LE, Wente SR, Chen W. Efficient multiplex biallelic zebrafish genome editing using a CRISPR nuclease system. PNAS. 2013;110(34):13904-13909. PMID: 23918387. — 斑马鱼多重双等位 CRISPR 编辑奠基方法。

  2. Gagnon JA, et al. Efficient mutagenesis by Cas9 protein-mediated oligonucleotide insertion and large-scale assessment of single-guide RNAs. PLoS One. 2014;9(5):e98186. PMID: 24873830. — Cas9 蛋白注射 + sgRNA 大规模评估(RNP 路线依据)。

  3. Burger A, et al. Maximizing mutagenesis with solubilized CRISPR-Cas9 ribonucleoprotein complexes. Development. 2016;143(11):2025-2037. PMID: 27130213. https://journals.biologists.com/dev/article/143/11/2025/47540/ — RNP 复合物最大化编辑效率(组装/注射参考)。

  4. Kroll F, et al. A simple and effective F0 knockout method for rapid screening of behaviour and other complex phenotypes. eLife. 2021;10:e59683. PMID: 33416493. https://elifesciences.org/articles/59683 — F0 crispant 快速筛表型；多 sgRNA 使 >90% 胚胎双等位敲除；tyr/slc24a5 阳性对照。新手必读。

  5. Wu RS, et al. A Rapid Method for Directed Gene Knockout for Screening in G0 Zebrafish. Developmental Cell. 2018;46(1):112-125.e4. PMID: 29974860. — G0(F0) 定向敲除快速筛选(crispant 路线另一关键方法)。

  6. Hoshijima K, et al.（合成 crRNA/Cas9 蛋白高效突变，心血管 F0 筛选范例）Highly Efficient Synthetic CRISPR RNA/Cas9-Based Mutagenesis for Rapid Cardiovascular Phenotypic Screening in F0 Zebrafish. Front Cell Dev Biol. 2021;9:735598. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8570140/ — 合成 crRNA + Cas9 蛋白 F0 表型筛选(器官表型适用)。

sgRNA 设计工具 ​

  1. Labun K, et al. CHOPCHOP v3: expanding the CRISPR web toolbox beyond genome editing. Nucleic Acids Res. 2019;47(W1):W171-W174. PMID: 31106371. https://academic.oup.com/nar/article/47/W1/W171/5491735 ｜ 工具：chopchop.cbu.uib.no

  2. Montague TG, Labun K, et al. CHOPCHOP v2. Nucleic Acids Res. 2016;44(W1):W272-W276. PMID: 27185894.

  3. Moreno-Mateos MA, et al. CRISPRscan: designing highly efficient sgRNAs for CRISPR-Cas9 targeting in vivo. Nat Methods. 2015;12(10):982-988. PMID: 26322839. — 斑马鱼 sgRNA 活性预测模型。工具：crisprscan.org

基因分型 ​

  1. Samarut É, et al. A simplified method for identifying early CRISPR-induced indels in zebrafish embryos using High Resolution Melting analysis. BMC Genomics. 2016;17:547. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4973544/ — HRMA 检 CRISPR indel，可测 ~5% 嵌合。

  2. Parant JM, et al. A rapid and efficient method of genotyping zebrafish mutants. Dev Dyn. 2009;238(12):3168-3174. PMID: 19890916. — HRMA 分型经典方法。

B. 转基因品系与血管成像（对应 14 B） ​

  1. Lawson ND, Weinstein BM. In vivo imaging of embryonic vascular development using transgenic zebrafish. Dev Biol. 2002;248(2):307-318. PMID: 12167406. ZFIN: https://zfin.org/ZDB-PUB-020812-1 — Tg(fli1:EGFP) 血管荧光品系来源。

  2. (JoVE 56674) Studying Diabetes Through the Eyes of a Fish: Microdissection, Visualization, and Analysis of the Adult tg(fli:EGFP) Zebrafish Retinal Vasculature. J Vis Exp.https://www.jove.com/t/56674/ — 成体视网膜血管显微解剖+铺片+定量协议。

C. 斑马鱼糖尿病视网膜病变模型（对应 14 A） ​

  1. Wiggenhauser LM, et al. Activation of Retinal Angiogenesis in Hyperglycemic pdx1⁻/⁻ Zebrafish Mutants. Diabetes. 2020;69(5):1020-1031. PMID: 32139595. https://diabetesjournals.org/diabetes/article/69/5/1020/39608/ — pdx1 敲除糖尿病斑马鱼 → 视网膜血管新生。

  2. Gleeson M, Connaughton V, Arneson LS. Induction of hyperglycaemia in zebrafish (Danio rerio) leads to morphological changes in the retina. Acta Diabetol. 2007;44(3):157-163. PMID: 17721755. — 成体交替葡萄糖浸泡 30 天 → IPL/INL 变薄。

  3. (综述) Wiggenhauser LM, Hammes HP, 等. Advancing Diabetic Retinopathy Research: Analysis of the Neurovascular Unit in Zebrafish. (2021) https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8228394/ — 斑马鱼 DR 神经血管单元研究综述(机制与读出全面)。进组前精读。

  4. (IOVS 2020) Photoreceptor Degeneration Accompanies Vascular Changes in a Zebrafish Model of Diabetic Retinopathy. Invest Ophthalmol Vis Sci. 2020. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7329949/ — 高糖斑马鱼感光细胞退行 + 血管改变。

  5. (Biomed Pharmacother 2021) Development of a zebrafish screening model for diabetic retinopathy induced by hyperglycemia: Reproducibility verification in animal model. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0753332220313949 — 葡萄糖浸泡幼鱼 DR 筛选模型(浓度/血管直径数据来源)。

  6. (纳米药物范例) Therapeutic investigation of quercetin nanomedicine in a zebrafish model of diabetic retinopathy. Biomed Pharmacother. 2020. PMID: 32745912. — 斑马鱼 DR 模型上的药物干预范例(高通量筛选思路)。

D. 视觉功能检测（对应 14 E） ​

  1. Brockerhoff SE. Measuring the optokinetic response of zebrafish larvae. Nat Protoc. 2006;1(5):2448-2451. PMID: 17406490. — OKR 标准协议。

  2. Makhankov YV, Rinner O, Neuhauss SCF. An inexpensive device for non-invasive electroretinography in small aquatic vertebrates. J Neurosci Methods. 2004;135(1-2):205-210. — 幼鱼无创 ERG 装置经典文献。

  3. (JoVE 52662) Electroretinogram Analysis of the Visual Response in Zebrafish Larvae. J Vis Exp. 2015. PMID: 25867216. https://www.jove.com/t/52662/ — 幼鱼 ERG 操作视频协议。

E. 工具书与规范 ​

  1. Westerfield M. The Zebrafish Book: A Guide for the Laboratory Use of Zebrafish (Danio rerio). 5th ed. Eugene: University of Oregon Press; 2007. 在线：https://zfin.org/zf_info/zfbook/zfbk.html — 养殖/繁育/胚胎操作"圣经"。

  2. Percie du Sert N, et al. The ARRIVE guidelines 2.0: Updated guidelines for reporting animal research. PLoS Biol. 2020;18(7):e3000410. PMID: 32663219. — 动物实验报告规范。

  3. 数据库/工具：ZFIN(zfin.org)、Ensembl(ensembl.org)、Addgene(addgene.org)、CHOPCHOP、CRISPRscan、ICE(ice.synthego.com)/TIDE(indel 解析)。

引用使用建议 ​

  • 写方法学(Methods)时，把上面对应步骤的文献按本表标号引上；具体参数注明出处或标"本实验室优化"。
  • 用 Zotero 按标题导入可得准确卷期/DOI，避免手抄错。
  • 综述类(16)和方法类(4、14)优先全文精读，是你方法部分的主干引用。

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