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靶点证据总表（DR / AMD 分开）
一页看清：每个候选靶点 × 每层干分析证据。DR 与 AMD 全程独立（不同数据集、不同 GWAS、各自 FDR），故分两张矩阵。
图例：✅ 支持 ⚠️ 提示/带 caveat ❌ 阴性或无信号 — 未测/不适用
定位性质：这是给湿实验挑靶点的证据档案，不是确证性结论。每一层都标了强弱，caveat 见下方脚注与干分析进展页。
一、糖尿病视网膜病变（DR）
| 靶点 | ① MR 提名 | ② bulk 转录 (GSE60436) | ③ 单细胞定位 (GSE165784) | ④ 细胞通讯 (CellChat) | ⑤ 活化轨迹 (Slingshot) | ⑥ 视网膜 eQTL 共定位 | ⑦ 组织定位 (NSR/RPE) | 综合 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MERTK | ✅ | ✅ ↓FDR0.012 | ✅ 小胶质 0.98/34.5% (PDR only) | ✅ GAS6/PROS1 →MERTK/AXL | ❌ 已撤下 全支线校验不支持 | ❌ H4=0.01 | ✅ 双组织 +0.63 | 强（五层） |
| SPRY2 | ✅ | ✅ ↓FDR0.0008 | ⚠️ 壁/成纤维10% | — | — | ❌ 非eGene | ⚠️ −0.27 | 中 |
| AGER | ✅ | ⚠️ ↑0.066 | ❌ 整体低 | — | — | ❌ 非eGene | ⚠️ NSR高−0.74 | 弱–中 |
| TNXB | ✅ | ✅ ↑FDR0.014 | — | — | — | ⚠️ H4=0.68 (MHC慎) | ⚠️ +0.83 | 中（遗传向） |
| TNFRSF10A | ✅ | ✅ ↑FDR0.003 | — | — | — | ❌ 非eGene | ❌ ns | 中 |
| CFH | ✅ | ✅ ↑FDR0.0001 | ⚠️ 内皮/壁细胞 | — | — | — | ✅ RPE高+2.45 | 中 |
DR 关键读法
- MERTK 五层收敛（遗传→表达↓→小胶质定位→GAS6/PROS1 胞葬轴→双组织表达）是全项目最完整的靶点论证 → 值得下场做功能验证。 ⚠ 原第 5 层「活化态丢失（ρ−0.31）」已于 2026-07-27 主动撤下：按 PDR 分层后 Slingshot 给出 6 条支线，方向自校验通过的 3 条中 MERTK ρ = −0.04/+0.12/+0.17，均不为负。详见修复前后对比 §5.1。
- ⚠️ 三个必须如实说的 caveat：② bulk 是「病理膜 FVM vs 正常视网膜」，差异含组织类型混杂；⑥ MERTK 不与 DR 共定位（组织遗传层不加分，已划清）；③ FVM 天然小胶质占比高，有分母偏倚（但 25% vs 8% 阳性率仍支持髓系偏好）。
- ② bulk DEG 方法：2026-07-25 由逐基因 t 检验升级为 limma moderated-t（微阵列发表标准）。方向与显著性不变，FDR 略有变化（表内已用 limma 值）。AMD 侧（GSE29801）候选仍全部不显著（伪 bulk 佐证），DR 侧显著性维持。
- TNXB 是唯一有组织级遗传支持（共定位 H4=0.68），但在 MHC 区 LD 复杂 + 无斑马鱼同源，谨慎。
二、老年黄斑变性（AMD）
| 靶点 | ① MR 提名 | ② bulk 转录 (GSE29801) | ③ 单细胞定位 (GSE230348) | ③b 伪bulk 组间差异 | ⑥ RPE eQTL 共定位 | ⑦ 组织定位 (NSR/RPE) | 综合 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MERTK | ✅ | ❌ 无显著 | ✅ RPE+髓系 | ❌ p=0.076 方向为 AMD↑ | ❌ 非eGene | ✅ 双组织+0.63 | 中（遗传/定位向） |
| APOE | ✅ | ❌ | — | — | ❌ 非eGene | ✅ NSR高−0.90 | 弱–中 |
| CFH | ✅ | ❌ | — | — | ❌ 非eGene | ✅ RPE高+2.45 | 中（遗传向） |
| TNFRSF10A | ✅ | ❌ | — | — | ❌ 非eGene | ❌ ns | 弱 |
| TGFB1 | ✅ | ❌ | — | — | ❌ 非eGene | ✅ RPE高+2.17 | 弱–中 |
| CASP10 | ✅ | ❌ | — | — | ❌ 非eGene | ⚠️ +0.70 | 弱 |
AMD 关键读法
- AMD 侧明显比 DR 薄：候选在 bulk mRNA 基本无显著，MERTK 能定位（RPE + 髓系）但伪 bulk 未达显著——细胞级 Wilcoxon 曾给出「下调 adj p 0.0096」是伪重复假阳性，被伪 bulk 挡掉（Squair 2021）。 2026-07-27 补全样本分组后（22→34 份，AMD 21 / 正常 13）：Wilcoxon p=0.076、log2FC +0.71，仍未达显著，但方向是 AMD 侧偏高，与「MERTK 功能丧失致 AMD」假说相反 —— 与遗传层 H4=0.01 不支持一致。
- AMD 的证据落在遗传 / 蛋白层面，不在转录层面。自建 EGA METR RPE eQTL 功效低（N=176，仅 3699 eGene），所查 6 个靶点全非 eGene，共定位做不了。
⚠️ 视网膜层有两套不同数据，勿混：① 自建 EGA METR-GT（Sampson Nat Commun 2026，EGAD50000002082）神经视网膜 NSR N=183 / RPE N=176；② 外部 Advani 2024（Nat Commun 15:1972）视网膜 QTL 403 眼。AMD 侧在 Advani 数据中仅 CFH 达 FDR<0.05（0.0099），DR 侧为 CFH / SPRY2 / TNXB。
- 结论：AMD 要补组织级遗传证据，得走 EyeGEx（453 视网膜样本含 AMD） 或蛋白/功能实验，不能靠转录组。
三、跨两病的支撑分析（非靶点特异）
| 分析 | 结果 | 意义 |
|---|---|---|
| WGCNA（AMD GSE29801） | MERTK 与 SPRY2 同在 blue 共表达模块；模块–疾病相关弱 |r|≤0.2 | 共表达提示，非因果 |
| 单基因 GSEA | AMD-MERTK 富集氧化磷酸化/呼吸链；DR-MERTK/SPRY2 富集 OXPHOS/TCA/光转导 | 通路背景；DR 受组织成分混杂，解读慎 |
| 方向 B 组织定位（NSR vs RPE） | CFH 在 RPE 高（补体机制吻合）；MERTK 双组织表达 | 为细胞系选择提供依据（ARPE-19 vs 视网膜小胶质） |
四、一句话总
MERTK 在 DR 是目前证据最收敛、最值得推进湿验证的靶点；AMD 侧整体偏薄且转录层阴性，其 MERTK 证据在遗传/定位而非表达。所有阴性（DR 共定位、AMD 伪 bulk）均如实保留，不夸大——这套干分析是下一步实验的理由，不是终点。
详细每步方法、脚本、图见 靶点功能验证 · 干分析进展。