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MR 本地分析环境 · 使用说明
2026-07-12 建。MR 重活主力已从腾讯云迁到本地台式机（i5-13490F / 32G / D盘6.7T）， 因为数据在本地、消除跨墙搬大文件的卡顿。整套 R 环境装在 Windows 的 WSL2 Linux 子系统里。
一、怎么打开用
本机
浏览器开 http://localhost:8787 → 登录 research / 〈密码·见Vaultwarden〉
任意电脑（需台式机开机+已登录 Windows）
浏览器开 https://mr.stlog.cn → 过两道门：
- 网页弹框 basic auth：
cong/〈密码·见Vaultwarden〉 - RStudio 登录：
research/〈密码·见Vaultwarden〉
远程能访问的前提：台式机开着、你登录了 Windows（登录时 Startup 里的
wsl-mr-keepalive.vbs会自动保活 WSL，RStudio+隧道随之自启）。关机/注销就断。
二、东西都在哪
| 内容 | 路径 |
|---|---|
| 流水线代码 | WSL /home/research/mr-pipeline ＝ Windows \\wsl.localhost\Ubuntu-24.04\home\research\mr-pipeline |
| 结果 | .../mr-pipeline/results/screen_R9/（*_significant.csv=显著蛋白，summary.csv=汇总，overlap_matrix.csv=跨结局重叠，figures/=图） |
| 输入数据(现有) | F:\project\mrdata\（protein_info.csv + finngen_R9_*.gz + T1D，被流水线就地引用） |
| 新下载数据(今后) | D:\mrdata\（6.7T，挂代理直连下到这，WSL 经 /mnt/d 读） |
| 配置 | .../mr-pipeline/config.yaml |
看结果最简单：直接在 RStudio 右下 Files 面板点开；或资源管理器地址栏粘 \\wsl.localhost\Ubuntu-24.04\home\research\mr-pipeline\results。
三、怎么跑一次分析
在 RStudio 里开 Terminal（菜单 Tools→Terminal，或左下 Terminal 标签），敲：
bash
cd ~/mr-pipeline
Rscript batch_screen.R R9 # 跑 FinnGen R9 六结局筛查
Rscript batch_screen.R R13 # 跑 R13（需先把 R13 数据放好，见下）
Rscript viz_screen.R results/screen_R9 # 生成 UpSet/森林/网络图结果写到 results/screen_R9/（或 _R13）。
四、更新到新版 FinnGen（如 R13/R14）要准备数据
流水线 MR 只需工具SNP那几千行，但预过滤前要先有全量文件。推荐流程：
- 在 Windows 侧挂代理直接下载全量
.gz到D:\mrdata\outcome\（Windows 已配系统代理 127.0.0.1:10809，浏览器/下载器直连 FinnGen 的 Google 存储，快且稳）。 - 在 RStudio Terminal 里把文件软链进流水线 data 目录，或改
batch_screen.R里的路径指向/mnt/d/mrdata/outcome/。 Rscript batch_screen.R R13。
为什么不在 WSL 里下：WSL 是 NAT 网络，够不到 Windows 的 localhost 代理； 在 Windows 下、WSL 经
/mnt/d读最省事。
四点五、腾讯云 ↔ 本地代码同步
本地 WSL = 工作主库，腾讯云是随身入口。在 RStudio Terminal 里：
bash
mrdiff # 看两边差异（不改动任何一边，先看再决定）
mrpush # 预演：本地 -> 腾讯云（只显示会改啥，不真跑）
mrpush! # 真推：本地代码推到腾讯云
mrpull # 预演：腾讯云 -> 本地
mrpull! # 真拉：腾讯云改动拉回本地- 只同步代码，自动跳过：数据
data/、结果results/、LD 面板reference/、大文件*.gz/tsv/csv。 - 只增改、不删除（不会因一边缺文件就删另一边），安全。
- 习惯：在哪改完就
mrpush!或mrpull!一下，别让两边分叉。腾讯云的 1000G LD 面板reference/本地没有，将来跑全量 MR 时用scp单独拉。
五、维护要点
- 停/起 RStudio：WSL 里
sudo systemctl restart rstudio-server - 隧道状态：
systemctl status mr-tunnel（autossh 自动重连） - 改密码：
sudo passwd research（RStudio 登录）；basic auth 改/etc/caddy/Caddyfile里 mr.stlog.cn 段 - 分子动力学（lovejj 用户 + conda gmxmd/cgenff/md）与本环境完全隔离，互不影响