分子对接 · 命令速查

项目一：分子对接常用命令。

1. 切换目录与激活环境

cd F:\project\docking
conda activate docking

2. 运行单个小分子对接（使用 SMILES 字符串）

python dock.py --pdb 1EVE --smiles "[H][C@]12[C@@]([C@@H](OC(C3=C(C)N=C(C)C(C(OC)=O)=C3)=O)C[C@]4([H])[C@@]2([H])NCC4)([H])OC(C5=CC6=C(OCO6)C=C51)=O"

3. 运行批量分子对接（使用 CSV 文件）

python dock.py --pdb 1EVE --smiles-file ligands.csv --exhaustiveness 128

4. 可视化

残基影响蛋白颜色后，修改蛋白颜色即可。运行可视化脚本：

run F:\project\docking\projects\1EVE_batch_20260519_155331\pos\analysis\pymol_visualization.py